（2）檢查設計變更的真實性，分析設計變更對工程造價的影響；對工程量清單報價工程，合同中有相同或類似于變更子目的綜合單價，按合同中單價執行；合同中沒有的價格按招標文件及合同約定執行；只是項目用料（包括規格）改變時按相似或相近項目的綜合單價進行換算，且只計算主要材料價差；對綜合單價中的項目特征、工作內容發生改變的，應相應調整其單價。
（3）施工簽證的發生是否真實，是否為施工圖預算或工程量清單中未包括的內容；施工簽證反映的事項是否準確，涉及工程量核算的計算式及圖紙是否完整；施工簽證內容是否規范，是否存在既簽量又簽價、既簽量又簽消耗、既簽單價又簽總價的問題。
2、凡涉及費用變動的設計變更、施工簽證，審計機構應及時核實和確認，對未經審計機構核實和確認的設計變更和施工簽證，應不予增加工程費用。
（五）索賠費用的審查與評價
1、索賠費用的審查與評價的主要內容：
（1）施工單位提出的索賠事項是否真實，是否實際發生；索賠的內容是否準確，責任是否劃分清楚；索賠的程序是否規范；
（2）索賠的證據是否真實，各類索賠費用的計算是否準確，依據是否充分。
2、對未經審計機構審核確認的索賠事項，應不予辦理索賠款項的支付。
3、對由于施工單位、設計單位的過失造成的工期延誤及費用的增加，審計機構應向建設工程管理部門提出賠償的建議和依據。
第八十八條 審計機構應根據施工階段審計中發現的工程施工和工程管理中存在的主要問題，及時與建設工程管理部門、監理單位等進行溝通，定期或不定期的出具審計報告，提出加強和改進管理的意見與建議。
第六節 竣工驗收階段的審計
第八十九條 竣工驗收階段的審計主要是對建設工程項目的合同履行、工程結算以及工程項目決算等各環節業務管理活動的真實、合法和效益進行的審查和評價，目的是保證工程項目結算和決算的真實、完整、準確，防止虛列工程、套取資金、弄虛作假、高估冒算等行為的發生，促進合同的有效執行，維護學校的合法權益。
第九十條 竣工驗收階段審計依據的主要資料：
（一）經批準的可行性研究報告；
（二）勘察合同和勘察報告；
（三）設計合同和施工圖、竣工圖；