5、科研管理機構和校內相關部門、院系等單位的科研管理崗位設置是否合理，各崗位工作人員是否明確自身職責，是否勝任；
6、科研管理機構是否針對各類科研管理業務制定了完整的業務流程，并能讓校內相關部門、單位和人員知悉；
7、是否依照有關程序對員工進行招聘和培訓；
8、各項科研管理規章制度是否健全，獎懲措施是否得當；
9、學校是否定期組織人員對校內相關部門、院系等單位的科研管理情況進行檢查評估，成效如何；
10、學校是否有科研人員科研業績考核評價制度或措施，執行情況如何；是否有完善的考核評價信息系統；
11、是否制訂了從業人員職業道德規范，職業道德規范的內容是否明確、切實可行，并得到有效執行。
（二）科研管理的風險管理
1、是否對不同的科研管理業務建立了不同的風險管理目標，風險管理目標是否明確并切實可行；
2、是否采取措施加強對隨意編報科研預算、擠占挪用科研經費進行管理；
3、是否建立定期或不定期的風險評估機制，對風險的考慮是否全面；
4、是否建立風險預警機制或風險預案，對風險的管理是否靈活有效。
（三）科研管理的控制活動
1、合作
（1）對橫向科研合作與縱向科研合作是否制訂了不同的管理措施；
（2）科研合作是否都簽訂了相關協議，責權利是否明確；
（3）重大的科研合作合同是否經過審批；
（4）是否建立科研合作協調機制，是否對科研合作各方的科研進度進行協調；
（5）對外科研合作撥款是否嚴格按合同執行，并取得合作單位收款收據；
（6）是否收取科研合作費用，科研費用的收取是否按相關合同執行；
（7）科研合作經費支出是否按預算或科研合作合同執行，科研經費支出是否與其他支出相區別。
2、項目調整
（1）是否制訂項目調整審批流程，該流程是否切實可行；
（2）項目的調整是否有充足的理由，是否得到原審批機關的批準；
（3）項目調整方案是否與原審批文件一起歸檔保存；