對新設立的二級分支機構，第十六條第二款、第三款明確了兩種例外情形，即不視同新設二級分支機構的情形，主要考慮這些機構之前已經存在并已就地分攤繳納稅款，重組之后繼續作為二級分支機構管理的，按照實質重于形式的原則，不應作為新設分支機構，應該按規定繼續計算分攤并就地繳納稅款。具體包括企業外部重組與內部重組兩種情形：（1）匯總納稅企業當年由于重組等原因從其他企業取得重組當年之前已存在的二級分支機構，并作為本企業二級分支機構管理的，該二級分支機構不視同當年新設立的二級分支機構，應按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。（2）匯總納稅企業內就地分攤繳納企業所得稅的總機構、二級分支機構之間，發生合并、分立、管理層級變更等形成的新設或存續的二級分支機構，不視同當年新設立的二級分支機構,應按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。

　　七、分支機構計算分攤稅款的三個因素如何確定？計算分攤稅款的比例是否調整？

　　（一）“三因素”的確定。《辦法》第十五條明確規定，總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例。這就將“三因素”的所屬區間統一限定為“上年度”，改變了28號文件對“三因素”所屬區間“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的規定，保證了一個納稅年度內上半年預繳、下半年預繳以及匯算清繳都采用一個所屬區間的“三因素”數額計算分配比例，還可以克服新設立企業第二年上半年因沒有上上年度“三因素”數額而無法參與就地分攤繳稅的問題。

　　第十七條又細化了“三因素”的具體所屬區間和具體內涵，即上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額，是指分支機構上年度全年的營業收入、職工薪酬數據和上年度12月31日的資產總額數據，是依照國家統一會計制度的規定核算的數據。明確了“三因素”是會計核算數據，而不是《企業所得稅法》規定的概念，不需要進行納稅調整，這可以提高“三因素”的確定性，減少總分支機構主管稅務機關之間的分歧。

　　（二）分攤稅款比例的調整。第十五條規定，分支機構分攤比例按《辦法》規定方法一經確定后，當年一般不作調整，即在當年預繳稅款和匯算清繳時均采用同一分攤比例。針對上市公司等在首次預繳分攤采用的“三因素”與其后經過注冊會計師審計的“三因素”數據存在差異的情況，第十七條進一步說明，一個納稅年度內，總機構首次計算分攤稅款時采用的分支機構“三因素”數據，與此后經過中國注冊會計師審計確認的數據不一致的，不作調整，保證了年度內分攤比例的一致性。