五、對二級分支機構查補稅款如何計算？如何在總分機構之間進行分攤？依據的原則是什么？

　　稅務總局廣泛征求了財政部、各省市國地稅局以及部分納稅人的意見。綜合各方反饋意見，對二級分支機構查補稅款計算與分攤入庫問題的處理要遵循三個原則，一是要堅持法人所得稅制，二是要遵循40號文件的基本分配框架，三是要盡量提高二級分支機構所在地稅務機關就地監管的積極性。

　　基于此，《辦法》第二十八條明確，二級分支機構所在地主管稅務機關可自行對其主管二級分支機構實施稅務檢查，但對查補稅款的計算應按照法人所得稅制的要求進行，不得侵犯納稅人的合法權益。同時明確，對二級分支機構的查補稅款，50%應分配給總機構繳納（總機構所在地和中央國庫待分配賬戶各占25%），50%分配給參與檢查的二級分支機構繳納，沒參與檢查的其他二級分支機構不參與查補稅款的分配。這樣，既堅持了40號文件的基本分配格局，又適當體現了對就地監管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，對這一問題的處理，也將在稅務總局與財政部、中國人民銀行聯合發布的文件中得到體現。

　　六、跨地區經營匯總納稅企業哪些機構就地分攤繳納企業所得稅？哪些機構不就地分攤繳納企業所得稅？

　　（一）就地分攤繳納企業所得稅的機構。《辦法》第四條規定：總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。這是對二級分支機構法律形式和運營特點的一般概括。

　　辦法同時明確了一種視同二級分支機構的情形，屬于二級分支機構特例。第十六條第一款規定：總機構設立具有主體生產經營職能的部門（非辦法第四條規定的二級分支機構），且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不得按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。

　　（二）不就地分攤繳納企業所得稅的機構。《辦法》第五條明確了不就地分攤繳納企業所得稅的二級分支機構，具體包括：（1）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。（2）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。（3）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。（4）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。（5）匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。