三、如何把握《辦法》的基本框架和主要內容？

　　《辦法》共三十三條，分為總則、稅款預繳和匯算清繳、總分機構分攤稅款的計算、日常管理、附則等五部分。具體來說：

　　第一章：總則（共五條）。主要包括立法依據、適用范圍、總體管理辦法等規定，解決了《辦法》中一般性和總括性的重要問題。

　　第二章：稅款預繳和匯算清繳（共七條）。主要包括稅款分配基本格局、預繳申報和匯繳申報的內容，屬于匯總納稅企業所得稅征收管理中的征收部分，突出了匯繳申報中分支機構分配表（第十一條）的作用，明確首次預繳申報時報送分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）（第九條），以利于相互比對，也有利于就地啟動稅務檢查。

　　第三章：總分機構分攤稅款的計算（共八條）。概括了總機構、分支機構計算分攤稅款的全過程，與28號文件相比，這一計算過程更加完整和系統，突出強調了總機構計算公式（第十三條）、分支機構計算公式（第十四條）、分支機構“三因素”所屬區間（第十七條）、總分機構不同稅率情況下的計算（第十八條）和計算錯誤的處理（第二十條）。

　　第四章：日常管理（共十一條）。初步搭建了一個涵蓋稅務登記信息溝通、二級分支機構判定、掛靠機構處理、資產損失管理、稅收優惠管理、稅務檢查（稅款計算、分配、信息溝通）、信息平臺建設和維護、總分機構主管稅務機關劃分、征收方式鑒定等較為系統的日常管理體系。突出了溝通與協作的重要性（第四章），強調了就地監管機制中“二級分支機構判定”（第二十三條、二十四條）和“就地檢查”（第二十七條、二十八條）的管理抓手作用。

　　第五章：附則（共兩條）。包括授權條款、施行時間、廢除文件和新舊銜接條款。

　　四、跨地區經營匯總納稅企業如何進行企業所得稅匯算清繳？

　　《辦法》第十條規定：匯總納稅企業匯算清繳時，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。同時明確：涉及退稅時，也可經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。第十一條規定了總分支機構匯算清繳時應報送的申報表、財務報表及其他相關資料。

　　納稅人關注的是分支機構是否要實質地參與匯算清繳，是否進行年度納稅調整，從上述規定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構并不需要進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據總機構填報的分配表中應繳應退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構的年度納稅申報完全是兩個概念。同時，為便利就地實施稅務檢查，也需要分支機構報送參與企業年度納稅調整情況的說明，該說明由總機構確認后提交，涉及需由總機構統一計算調整的項目不進行說明。