為加強跨地區經營匯總納稅企業所得稅的征收管理，根據《財政部國家稅務總局中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法〉的通知》（財預[2012]40號）（以下簡稱40號文件）等的精神，稅務總局在充分調查研究的基礎上，對《國家稅務總局關于印發的通知》（國稅發[2008]28號）（以下簡稱28號文件）進行了修訂和完善，制定了《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（以下簡稱《辦法》），并發布公告。現將《辦法》的主要內容解讀如下：

　　一、如何把握40號文件的主要政策變化點？

　　與《財政部國家稅務總局中國人民銀行關于印發的通知》（財預[2008]10號)相比，40號文件的政策變化點主要體現在：（1）明確總分機構參與匯算清繳稅款分配，即匯算清繳應補應退稅款按照預繳分配比例分配給總分機構，由總分機構就地辦理稅款繳庫或退庫，改變了匯繳補退稅均通過中央國庫辦理、總分機構都不參與就地分享的做法。（2）明確了總分機構查補稅款就地入庫問題，突破了就地監管的政策瓶頸。（3）不適用范圍的調整，企業所得稅全額歸屬中央收入的企業由14家調整為15家。（4）分支機構“三因素”所屬區間的調整，統一確定為上年度，不再區分上上年度和上年度。（5）明確當年撤銷的分支機構自辦理注銷稅務登記之日起不參與分攤，不再從第二年起才不參與分攤。（6）采用會計準則的表述和口徑，將“三因素”中的“經營收入”改為“營業收入”，“職工工資”調整為“職工薪酬”，對“資產總額”的解釋不再排除無形資產。（7）增設和修訂了若干預算科目。這些政策變化點，都已完整地體現在《辦法》相關條款中。

　　二、現行跨地區經營匯總納稅企業所得稅征管的文件主要有哪些？《辦法》與這些文件的關系是什么？

　　現行跨地區經營匯總納稅企業所得稅征管方面的文件，主要包括28號文件、國稅函[2008]747號、國稅函[2008]958號、國稅函[2009]221號、國稅發[2009]79號、國稅發[2008]120號、稅務總局公告2011年第25號、稅務總局公告2012年第12號等文件，其中，28號文件是核心規定，其他文件是重要補充。

　　《辦法》以28號文件為母版進行了增減修訂，增加了二級分支機構判定（第四條、第二十三條、第二十四條）、不同稅率地區計算（第十八條）和計算差錯糾正（第二十條）（來自國稅函[2009]221號），新設分支機構判定（第十六條）（來自國稅函[2008]958號），分支機構匯繳報送資料（第十一條）（來自國稅函[2009]221號、國稅發[2009]79號），資產損失管理（第二十五條）（來自稅務總局公告2011年第25號），稅收優惠管理（第二十六條）（來自稅務總局公告2012年第12號），不得核定征收（第三十一條）（來自國稅函[2008]747號），征管范圍劃分（第三十條）（來自國稅發[2008]120號）等很多現行有效規定，并進行了更為準確和精煉地表述。