國家稅務總局公告2012年第18號規定，對于股權激勵，在稅收處理上，上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，在當期不能在計算企業所得稅應納稅所得額時進行扣除。實施股權激勵的企業，只有在股權激勵計劃可行權后，按照該股票實際行權時的公允價格(一般是實際行權日該股票收盤價)與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數量，計算確定作為當年上市公司工資、薪金支出，依照稅法規定進行稅前扣除。
　　無論是在股權激勵成本費用金額的確認上，還是在扣除時點的確定上，會計準則和稅法都存在明顯的差異，由此導致企業需要根據《企業會計準則第18號——所得稅》規定的原則進行所得稅會計處理。
　　對于股權激勵的所得稅會計處理問題，國際財務報告準則2號——股份支付(IFRS2 share-based payment)規定，股份支付在一個會計期間的財務報表中是確認為費用，但在后面的某個會計期間內進行稅前扣除，如果后續扣除時企業有足夠的應稅利潤，則應該確認這個可抵扣時間性差異，從而確認遞延所得稅資產。遞延所得稅資產的確認是基于稅務機關對于股權激勵在未來可以稅前扣除的金額。因此，遞延所得稅資產的確認要基于對未來股份支付可稅前扣除的估計。如果股票價格的變動影響未來稅前可扣除金額，則對未來可以稅前扣除金額的估計就基于目前的股票價格。但是，當確認的可稅前扣除的金額超過財務報表確認的費用時，超過部分要直接進入權益。
　　財政部在《企業會計準則講解(2010)》中介紹得比較簡略。對于“與股份支付相關的當期及遞延所得稅”的問題，《企業會計準則講解(2010)》規定，與股份支付相關的支出，在按照會計準則規定確認為成本時，其相關的所得稅影響應區別于稅法的規定進行處理。如果稅法規定與股份支付相關的支出不允許稅前扣除，則不形成暫時性差異;如果稅法規定與股份支付相關的支出允許稅前扣除，按照會計準則規定，確認成本費用的期間，企業應當根據會計期末取得的信息，估計可稅前扣除的金額計算確定其計稅基礎及由此產生的暫時性差異，符合確認條件的情況下，應當確認相關的遞延所得稅。其中，預計未來期間可稅前扣除的金額，超過按照會計準則規定確認的與股份支付相關的成本費用，超過部分的所得稅影響，應直接計入所有者權益。
　　《企業會計準則講解(2010)》在國家稅務總局公告2012年第18號之前出版，當時對于股權激勵的企業所得稅處理還不明確。國家稅務總局公告2012年第18號出臺后，稅法上允許企業扣除與股份支付相關的成本費用。因此，在所得稅會計上，企業應按規定進行遞延所得稅的處理。但是，《企業會計準則講解(2010)》規定得比較原則，其中企業如何根據會計期末取得的信息，估計可稅前扣除的金額，計算確定其計稅基礎及由此產生的暫時性差異是問題的核心。