（2）審核各項開發間接費用是否取得合法有效憑證。
（3）如果有多個開發項目，開發間接費用是否分項目核算，是否將應記入其他項目的費用記入了本清算項目。
（4）審核各項開發間接費用是否含有其他企業的費用。
（5）審核各項開發間接費用是否含有以明顯不合理的金額開具的各類憑證。
（6）審核是否將期間費用記入開發間接費用。
（7）審核有無預提的開發間接費用。
（8）審核為管理和組織全公司經營活動而發生的管理費用、銷售費用是否在本項目中予以剔除。
（9）在計算加計扣除項目基數時，審核是否剔除了已計入開發成本的借款費用。
（三）開發費用的計算
1.    利息支出的審核：
（1）審核各項借款合同判斷其相應條款是否符合有關規定。
（2）審核各項借款費用是否取得合法有效的憑證。
（3）如果有多個開發項目，借款費用是否分項目核算，是否將應記入其他項目的借款費用記入了本清算項目。
（4）利息是否超過按商業銀行同類同期貸款利率，對于逾期貸款的利息和加罰的利息不允許扣除。
2.    核算方法的確定：
（1）利息支出不能夠按轉讓房地產項目計算分攤或提供金融機構證明的，審核其利息支出是否按稅法規定的比例計算扣除。
（2）開發項目的利息支出能夠按轉讓房地產項目分攤并提供金融機構證明的，可以據實扣除。
（四）與轉讓房地產有關的稅金審核
1.    應當確認與轉讓房地產有關的稅金及附加扣除的范圍是否符合稅收有關規定。
2.    計算的扣除金額是否正確，與完稅憑證核對一致。
3.    不得重復計算印花稅。
4.    編制分稅種的《繳納稅款統計表》。
（五）計算扣除項目時不得加計扣除的規定
1.    對取得土地（不論是生地還是熟地）使用權后，未進行任何形式的開發即轉讓的，計算扣除項目金額時，不得加計扣除。2.    對于取得土地使用權后，僅進行土地開發（如“三通一平”等），不建造房屋即轉讓土地使用權的，是否按稅收規定計算扣除項目金額，是否按取得土地使用權時支付的地價款和開發土地的成本之和計算加計扣除。
3.    對于取得了房地產產權后，未進行任何實質性的改良或開發即再行轉讓的，計算扣除項目金額時，不得加計扣除。
4.    對于縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，審核其代收費用是否計入房價并向購買方一并收取，計算扣除項目金額時，不得加計扣除。