從稅負增加的現代服務業企業來看，其稅負增加的基本原因在于，文化創意、信息技術等作為智力或創意型的現代服務業，購進項目及金額通常較少，而“創意或智力、智慧”增值數額較大，因此，在稅率上升的情況下，其稅負自然會上升。

　　從交通運輸企業，尤其是陸路運輸與水路運輸企業來看，其稅負增加的基本原因，在稅率既定的情況下，盡管同樣在于購進項目及其金額的大小，但實際的稅負形成過程則要復雜得多。受制于稅制改革進程，企業的業務范圍、成本結構、交易對象和經營方式等均影響著扣除項目及金額的大小。

　　從業務范圍和成本構成來看，交通運輸企業若只從事市內運輸，則占其成本構成份額較大的燃油、修理修配勞務購進，由于相對容易獲得符合要求的專用發票，稅負上升壓力相對較小。而跨省、跨區域經營的長途陸路或水路運輸，情況要差得多。盡管理論上和制度安排上可抵扣的購進項目包括購置運輸工具、燃油的費用和修理費，以及部分港口費等，且購進運輸工具可按17%抵扣進項稅額，但實際情況是，交通運輸工具購置成本高、使用年限長，如船舶的使用年限一般為15年~20年，汽車一般為8年~15年，因此，若改革試點前已購置運輸工具者，按照現行“營改增”試點辦法的規定，可抵扣的固定資產進項稅額為零。而對于成本占比近20%的燃油費、修理費，由于車輛跨區域長途流動，存在難以取得、難以便利取得或難以及時取得合規專用發票的問題。在公路長途運輸成本中占比高達30%~40%的路橋費、保險費、力資費和房屋租金等也均無從抵扣。水路運輸中，調研顯示，港口企業可抵扣的短途運費和油料支出、修理費等比重僅有20%左右，而船舶港務費、港口建設費、保險費和房屋租賃費等主要成本均不能抵扣，且港口每月支付給鐵路部門的運費，尚未納入抵扣范圍。水路運輸公司擁有的自營鐵路專用線，在使用中產生的各項費用也都無法抵扣。

　　從交易對象來看，主要問題涉及購進項目是來源于一般納稅人還是小規模納稅人。無論是“營改增”前還是“營改增”后，一般納稅人的認定門檻都較高，因此，我國一直存在小規模納稅人占比偏高的問題，這一比例基本在80%以上。如果企業購進項目的交易對象為小規模納稅人，則要么無法獲得專用發票，要么獲得的專用發票只能抵扣3%，這必然導致企業稅負上升，而最終也將制約小規模納稅人的生存空間。

　　從經營方式來看，若交通運輸企業擁有自有車輛，而車輛購進在改革之前，則“營改增”后其稅負上升壓力較之租借車輛的同類企業要大得多。