第二階(jie)段(duan)從2003年到(dao)2009年。執行增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)(shui)(shui)一(yi)般納稅(shui)(shui)(shui)人(ren)申請(qing)抵扣(kou)的(de)(de)(de)防偽稅(shui)(shui)(shui)控(kong)系統開具的(de)(de)(de)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)(shui)(shui)專用發(fa)(fa)票(piao)，必(bi)須自(zi)該專用發(fa)(fa)票(piao)開具之(zhi)日(ri)起(qi)(qi)90日(ri)內到(dao)稅(shui)(shui)(shui)務機關認證(zheng)，否則不予抵扣(kou)進(jin)項稅(shui)(shui)(shui)額的(de)(de)(de)政策。在此(ci)階(jie)段(duan)，解決了(le)第一(yi)階(jie)段(duan)存在的(de)(de)(de)問題(ti)，對于(yu)可抵扣(kou)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)(shui)(shui)進(jin)項稅(shui)(shui)(shui)額的(de)(de)(de)條件界定為“發(fa)(fa)票(piao)開具之(zhi)日(ri)起(qi)(qi)90日(ri)內”和“并到(dao)稅(shui)(shui)(shui)務機關認證(zheng)”兩個條件，充分體現(xian)了(le)“以票(piao)控(kong)稅(shui)(shui)(shui)”的(de)(de)(de)管理(li)思路，但由于(yu)有(you)些企業(ye)從業(ye)務部(bu)門(men)到(dao)財務部(bu)門(men)的(de)(de)(de)流程時間較長(chang)，常常出(chu)現(xian)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)(shui)(shui)專用發(fa)(fa)票(piao)由于(yu)過期認證(zheng)兒無法(fa)抵扣(kou)的(de)(de)(de)問題(ti)，造成了(le)企業(ye)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)(shui)(shui)虛增(zeng)而多繳稅(shui)(shui)(shui)金的(de)(de)(de)問題(ti)。

　　第三階段從2010年(nian)開(kai)始(shi)至今。執行企業開(kai)具(ju)的(de)增值(zhi)稅(shui)(shui)(shui)(shui)專用發(fa)票(piao)、公(gong)路內(nei)河貨物(wu)運輸業統一發(fa)票(piao)和機動(dong)車銷售統一發(fa)票(piao)，應(ying)在開(kai)具(ju)之日起180日內(nei)到稅(shui)(shui)(shui)(shui)務機關(guan)辦(ban)理認證(zheng)，并在認證(zheng)通(tong)過的(de)次月申報(bao)期內(nei)，向主管(guan)(guan)稅(shui)(shui)(shui)(shui)務機關(guan)申報(bao)抵扣(kou)進(jin)項(xiang)稅(shui)(shui)(shui)(shui)額政策。在此(ci)階段，盡管(guan)(guan)認證(zheng)抵扣(kou)的(de)時限由90天調整為180天，卻(que)依然保持著(zhu)“以票(piao)控稅(shui)(shui)(shui)(shui)”的(de)管(guan)(guan)理思路，對于企業發(fa)生的(de)真實(shi)交易，但由于客(ke)觀原因造成增值(zhi)稅(shui)(shui)(shui)(shui)扣(kou)稅(shui)(shui)(shui)(shui)憑(ping)證(zheng)逾期而不能進(jin)行增值(zhi)稅(shui)(shui)(shui)(shui)抵扣(kou)的(de)問題(ti)沒有解(jie)決。

　　此(ci)次下發(fa)的(de)(de)50號公告規(gui)定：對增(zeng)(zeng)值稅一般納稅人發(fa)生真(zhen)實交易但由(you)于客觀原因造成增(zeng)(zeng)值稅扣(kou)稅憑證(zheng)(zheng)逾(yu)期的(de)(de)，經主管稅務機關審(shen)核、逐級上報(bao)，由(you)國家(jia)稅務總局認證(zheng)(zheng)、稽核比對后，對比對相符的(de)(de)增(zeng)(zeng)值稅扣(kou)稅憑證(zheng)(zheng)，允許納稅人繼續抵(di)扣(kou)其進項稅額。對此(ci)，我們(men)應該理(li)解為(wei)(wei)，增(zeng)(zeng)值稅進項稅額抵(di)扣(kou)政策從單純的(de)(de)“以票控稅”的(de)(de)管理(li)思路，調整為(wei)(wei)對于真(zhen)實交易行為(wei)(wei)逾(yu)期增(zeng)(zeng)值稅扣(kou)稅憑證(zheng)(zheng)抵(di)扣(kou)可(ke)以抵(di)扣(kou)的(de)(de)政策，并為(wei)(wei)此(ci)制定了(le)《逾(yu)期增(zeng)(zeng)值稅扣(kou)稅憑證(zheng)(zheng)抵(di)扣(kou)管理(li)辦法》。

　　50號公(gong)告是一個(ge)比較寬泛的政策

　　50號(hao)公告明確，對增值稅(shui)(shui)一般納稅(shui)(shui)人發生真(zhen)實交易但由于客觀原因造(zao)成增值稅(shui)(shui)扣稅(shui)(shui)憑證逾(yu)期的，經主管稅(shui)(shui)務(wu)機(ji)關審核、逐級上報(bao)，由國(guo)家(jia)稅(shui)(shui)務(wu)總局認(ren)證、稽核比對后，對比對相符的增值稅(shui)(shui)扣稅(shui)(shui)憑證，允(yun)許納稅(shui)(shui)人繼續抵扣其(qi)進(jin)項(xiang)稅(shui)(shui)額。

　　對于客觀原因的界定，公告明確有以下6個方面：（1）因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；（2）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；（3）有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網絡故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；（4）買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；（5）由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期；（6）國家稅務總局規定的其他情形。