另外，除另有規定(企業合并、分立適用特殊性稅務處理時虧損的繼承彌補)外，境內企業之間、境內與境外企業之間、境外企業之間的盈虧不得互抵。但同一國家分支機構之間的盈虧允許互抵。企業在匯總繳納企業所得稅時，境內分支機構之間的盈虧允許互抵，境外同一國家(地區)分支機構之間的盈虧允許互抵，境外不同國家(地區)分支機構之間的盈虧也不得互抵。

　　資產損失追補確認出現虧損的彌補
　　國家稅務總局《關于企業資產損失所得稅稅前扣除管理辦法》(國家稅務總局公告2011年第25號)規定，企業因以前年度實際資產損失未在稅前扣除而多繳的企業所得稅稅款，可在追補確認年度企業所得稅應納稅款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度遞延抵扣。企業實際資產損失發生年度扣除追補確認的損失后出現虧損的，應先調整資產損失發生年度的虧損額，再按彌補虧損的原則，計算以后年度多繳的企業所得稅稅款，并按前款辦法進行稅務處理。
　　例如，某企業2010年度發生資產損失100萬元，當年未能扣除。2010、2011年度匯算清繳納稅調整后所得分別為80、60萬元，2010年應納稅額=80×25%=20(萬元)，2011年應納稅額=60×25%=15(萬元)。2012年3月，企業向稅務機關申請追補扣除該資產損失。為此，2010年度納稅調整后所得=80-100=-20(萬元)，無須納稅;2011年度應納稅額=(60-20)×25%=10(萬元)。則該企業2010、2011年分別多繳企業所得稅20萬元、5萬元。

　　查增應納稅所得額可彌補以前年度虧損
　　國家稅務總局《關于查增應納稅所得額彌補以前年度虧損處理問題的公告》(國家稅務總局公告2010年第20號)規定，稅務機關對企業以前年度納稅情況進行檢查時調增的應納稅所得額，凡企業以前年度發生虧損、且該虧損屬于企業所得稅法規定允許彌補的，應允許調增的應納稅所得額彌補該虧損。彌補該虧損后仍有余額的，按照企業所得稅法規定計算繳納企業所得稅。
　　例如，某企業經稅務機關檢查后需調增2011年應納稅所得額100萬元，該企業以前年度存在虧損。假設企業2010年度自行申報應納稅所得額50萬，彌補以前年度虧損50萬元，累計結轉可在以后年度彌補的虧損額50萬元。則調增的所得額100萬元可用于彌補以前年度虧損50萬元，盈余的50萬元應按適用稅率補繳企業所得稅。

　　被投資企業的經營虧損不得在投資方彌補
　　國家稅務總局《關于企業所得稅若干問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第34號)第五條第二款規定，被投資企業發生的經營虧損，由被投資企業按規定結轉彌補;投資企業不得調整減低其投資成本，也不得將其確認為投資損失。