該文件要求分別核算增值額，但怎樣核算并未做出具體要求。現實工作中沒有一個開發企業的會計人員在帳務處理上是分層核算成本費用的。計算方法一是分別核算，確切地講是分攤核算，符合財稅字[1995]048號文件的精神；而方法二是以核算對象整棟樓為單位進行的核算。

    《土地增值稅暫行條例實施細則》（下稱《實施細則》）第8條規定：土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。這一規定與計算方法二計算土地增值稅的方法相吻合，從法律位階來講，稅收法規要高于稅收規章和規范性文件，因此計算方法二是可取的。需要注意的是，如果納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發的，按方法二計算出的增值率未超過20%的，應對其非普通住宅的部分按稅法的規定分攤成本費用計算相應的土地增值稅。

    《國家稅務總局關于加強房地產開發企業土地增值稅清算管理工作的通知》第1條規定：“土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算，其核算項目或核算對象是指房地產主管部門審批的開發項目。土地增值稅原則上按納稅人開發的不同類型房地產分別清算”。這里所講的“清算”就是先按核算對象即方法二計算出增值率判定土地增值稅稅率，確定征免對象，然后在不同類型房地產之間分攤相關成本費用，分別清算應繳納稅款。

    七、充分運用加計扣除政策

    《實施細則》規定，對從事房地產開發的納稅人允許按取得土地使用權時所支付的金額和房地產開發成本之和，加計20%的扣除。

    土地增值稅扣除項目中開發間接費用的歸集是企業籌劃時值得關注的一個點。開發間接費用是指直接組織、管理開發項目發生的費用，包括工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、周轉房攤銷等。《實施細則》規定開發間接費用屬于開發土地和新建房及配套設施費，應全額計入扣除項目金額中，在計算土地增值稅時有效地扣除；同時還規定這部分費用房地產企業可以享受20%的加計扣除。這些內容由于界線不是很明確，會計賬務處理時容易把這項費用的一部分計入管理費用或銷售費用。《實施細則》規定管理費用及銷售費用在土地使用權所支付的金額和開發土地、新建房及配套設施之和的5%以內計算扣除（或財務費用、銷售費用、管理費用在土地使用權所支付的金額和開發土地、新建房及配套設施之和的10%以內計算扣除）。如果管理費用及銷售費用總和超過了此限額，管理費用和銷售費用的開發間接費用在計算土地增值稅時就不能全額扣除，會多交土地增值稅。這些費用如果正確歸集到開發間接費用中，不僅可以全額扣除，還能享受20%加計扣除。所以企業對開發間接費用歸集時要謹慎，用足、用好稅收政策。