（一）計稅依據中金額認定上的差異。除不納入核定征收范圍的兩個稅目外，其余稅目在計稅金額上的差異主要表現為查賬征收模式考慮的是合同金額，合同簽訂時即應貼花，不論合同是否兌現或能否按期兌現，均要按規定貼花，對已履行并貼花的合同，發現實際結算金額與合同所載金額不一致的，一般不再補貼印花；而核定征收模式考慮的是實際發生金額，并不著重合同記載金額，這種差異是計稅依據中最主要的差異。比如某建筑施工合同記載金額為100萬元，施工結束后確認的審計付款金額為150萬元，在查賬征收模式下，按100萬元貼花，增加的50萬元一般不再貼花；而在核定征收模式下，則按照實際發生的150萬元計算繳納，不再考慮合同金額。

　　（二）非政策性的免稅合同的差異。非政策性免稅合同主要是指某合同屬于應稅合同，但在計算印花稅時不到貼花金額而免稅的合同。這類合同在查賬征收模式下不征稅，但在核定征收模式下，仍需要按照實際發生金額納稅。如某運輸合同金額為150元，在查賬征收模式下，因計算出的稅額不到1角而免稅（單張金額200元以下發票不貼花）；在核定征收模式下，仍要按照實際發生的金額計算繳納。

　　（三）按一定比例征收是核定征收模式特有的征收方式。查賬征收模式是按照合同金額全額計征稅款，核定征收模式是按照實際發生金額征收稅款。實際上，在核定征收模式下，除建筑安裝合同、借（貸）款合同、財產保險合同、產權轉移合同稅目是按照實際發生金額全額計征外，其余稅目均是按照實際發生金額的一定比例確定計稅金額。如運輸合同、財產租賃合同是按照實際發生金額的80%計征，就已經扣除了20%的金額。這是核定征收模式的特有。

　　（四）特定情況。在核定征收模式下，個別稅目卻按查賬征收模式合同金額計稅，不按核定征收模式實際發生金額計稅。這類情況主要發生在流動資金周轉性借款合同。由于流動資金周轉性借款合同的借貸雙方在簽訂合同時,一般是按年(期)簽訂,規定最高限額,借款人在規定的期限和最高限額內隨借隨還，因此,查賬征收模式下，在簽訂流動資金周轉借款合同時,應按合同規定的最高借款限額計稅貼花，以后,只要在限額內隨借隨還,不再簽新合同的,就不另貼印花。核定征收模式也應按這一原則處理，否則不僅直接與單行文件發生沖突，也造成納稅人的納稅負擔加重。征管中要注意的兩種情況：一是準確判斷是否是真實的流動資金周轉借款。二是企業所簽訂的已貼花合同到期，但因合同所載權利義務關系尚未履行完畢，需繼續執行合同所載內容，即繼續使用已到期合同，只要該合同所載內容和金額沒有增加，無需再重新貼花。但如果合同所載內容和金額增加，或者就尚未履行完畢事項另簽合同的，需要按照《中華人民共和國印花稅暫行條例》另行貼花。