（一）查補偷稅應納稅額的確定

　　增值稅一般納稅人不報、少報銷項稅額或多報進項稅額，均影響增值稅的繳納，是偷稅行為。其偷稅數額應當按銷項稅額的不報、少報部分或進項稅額的多報部分確定。如果銷項、進項均查有偷稅問題，其偷稅數額應當為兩項偷稅數額之和。

　　一般納稅人若采取賬外經營，即購銷活動均不入賬，而造成不繳、少繳增值稅的，其偷稅數額應按賬外經營部分的銷項稅額抵扣賬外經營部分中已銷貨物進項稅額后的余額確定。此時偷稅數額為應納稅額。

　　即：應納稅額＝賬外經營部分銷項稅額－賬外經營部分中已銷貨物進項稅額，

　　已銷貨物進項稅額＝賬外經營部分購貨的進項稅額－賬外經營部分存貨的進項稅額

　　（二）查補稅款金額的確定

　　一般納稅人發生偷稅行為，確定偷稅數額補征入庫時，其補稅數額應根據納稅人不同情況分別處理。即：根據檢查核實的一般納稅人與其全部銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵扣稅額），重新計算當期全部應納稅額。若應納稅額為正數，應當作補稅處理；若應納稅額為負數，應按《增值稅日常稽查辦法》的規定執行。

　　（三）查補稅款的會計處理 增值稅經稅務機關檢查后，應進行相應的會計調整。為此，應設立“應交稅金——增值稅檢查調整”賬戶。凡檢查后應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅轉出的數額，借記有關賬戶，貸記本賬戶；凡檢查后應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記本賬戶，貸記有關賬戶；全部調賬事項入賬后，應結出本賬戶的余額，并對該余額進行處理：

　　1.若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按借方余額數，借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”賬戶，貸記本賬戶。

　　2.若余額在貸方，且“應交稅金——應交增值稅”賬戶無余額，按貸方余額數，借記本賬戶，貸記“應交稅金——未交增值稅”賬戶。

　　3.若本賬戶余額在貸方，“應交稅金——應交增值稅”賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數，借記本賬戶，貸記“應交稅金——應交增值稅”賬戶。

　　4.若本賬戶余額在貸方，“應交稅金——應交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額沖出，其差額貸記“應交稅金——未交增值稅”賬戶。4.若本賬戶余額在貸方，“應交稅金——應交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額沖出，其差額貸記“應交稅金——未交增值稅”賬戶。