(2) 個別抽查法：
　　水利工程多以民辦公助為主，以工代賑普遍存在，工程所在地群眾投工投勞承擔場地平整土石方工程，可能是有多少個村民小組就有多少個工程結算，只能采取個別抽查法，按照一定的比例隨機抽查一些進行審計，以點代面。
　　(3) 定型圖審計法：
　　小水窖、小管引、谷坊等小型水利及水保工基本上采用的是標準圖紙施工，應該用定型圖審計法。先編制標準預算或決算造價，以此為標準進行對照審計，而對局部不同的部分和設計變更部分作單獨審查即可。這種方法的優點是時間短、效果好、定案容易。
　　(4) 對比審計法：
　　水利工程具有個體差異性，沒有相同的兩個工程，沒有可比性。對比審計法指的是一個工程的幾個標段間的對比。山區引水工程中，渠道長度可能有數公里，渠系建筑物有渠道、渡槽、倒虹吸、橋涵、隧洞，各標段以里程劃分。可以先剔除建筑物部分對比審核各標段渠道單位公里造價，懸殊較大的再作全面審核，有利于有的放矢，節約時間。
　　3、抓住重點，加強對水利工程工程量的審計
　　水利工程審計的重點是工程造價的審查，水利工程目前實行的是清單制，單價實行完全單價，合同形式大多采用固定單價合同。量價分離，價固定，那么，審計關鍵就在于工程量的核定，工程量的核定最基本最重要的就是現場簽證的審查。
　　所謂工程簽證，就是在建設工程項目實施過程中，業主與承包商就需要調整或補充的事項，在協商一致的情況下，經雙方簽字蓋章而訂立的一種補充證明材料。許多工程項目通過虛假簽證增加工程造價取得利益，使竣工結算失去了真實性。在審計簽證時應注意以下幾方面：
　　(1) 腳勤、嘴勤、手勤
　　對于工程量的簽證，審核時必須深入實際，到現場逐項丈量、計算，逐筆核實，多動手。應該多向監理工程師了解工程情況，多向設計方請教，做到腳勤、嘴勤、手勤。
　　(2) 加強對隱蔽工程的審核
　　水利工程在初驗后都有試運行階段，已經過水，對于隱蔽部分基本肉眼無法觀察，對其審核主要通過驗證工程簽證的合法性、真實性、規范性、合理性來核定。其必須同時具備業主、監理、承包方三方簽章。
　　(3) 加強對圖外增加和圖內減少工程的核查
　　水利工程地質復雜，施工圖設計多有變動，圖外增加工程審計只須核查增加的內容、數量是否正確，而重中之重要核查圖內減少工程是否減去了。許多不法份子都是在這方面相互勾結，該增已增，該減不減，從中牟利，做好圖內減少工程的核查就關住了國有資產流失的閥門。