存在上述缺陷的原因：一是“專項資金專款專用”的政策意識不強；二是財政拮據，專項資金管理單位日常運行經費困難；三是項目論證、會計基礎、項目管理等基礎性工作缺失
二、對策措施
(一)完善專項資金管理辦法,健全內控機制
近些年對專項資金的管理，一些單位積累了許多很好的經驗。如某縣扶貧辦根據上級要求，結合本地實際，總結出了“三專、三制、兩監督、兩強化、一保障”的管理辦法。筆者結合多次審計實踐，覺得他們的辦法切合當前實際，現介紹作相關事項借鑒，同時探討怎樣加強專項資金效益審計。
1.管理方式上實行“三專”，即對項目與資金的管理，實行項目專賬、資金專儲、管理專人的辦法。這樣做，不僅在財務管理、項目管理等管理上心中有數，更重要的是可以從制度上、心理上防止隨意擠占挪用資金的行為。
 

2.內控制度方面“三制”，即項目公示制、資金報賬制、竣工驗收制。具體做法是：對當年全縣擬實施的項目及其資金額度，縣扶貧辦在當地報紙等媒體上公開；鄉鎮、用款單位用公開墻公開；項目實施地立碑將項目實施規模、受益范圍、資金開支、群眾投勞等情況公開。資金開支由項目實施單位在鄉鎮財政部門或者縣級主管部門報賬，在報賬過程中及時接受一次檢查。項目竣工后，即按現行政策規定，由扶貧工作主管部門組織相關機構有關人員對項目質量、管理程序、財務收支等相關方面檢查驗收，督促整改發現的問題。
3.內部監管實行“兩監督”，即實行年度拉網檢查、信訪及時查處。縣上每年由扶貧辦、監察、審計、財政、發改委共同組織檢查組對扶貧項目的實施情況和扶貧資金的使用情況進行一次以上的檢查；對群眾關于專項資金使用、管理方面的來信來訪，縣扶貧辦或有關單位盡力做到及時調查處理。
4.管理過程要做到“兩強化”即動態監測、資料建檔。扶貧工作結合經濟社會發展的五年規劃，編制了自己的中期規劃。各年內進一步調查研究，當年末編定次年的項目實施計劃。按程序報批后，即按計劃實施；同時做好相關文字材料、統計數據、圖片等資料的立卷歸檔工作。
5.前提條件要有“一保障”，即財政撥付必要的工作經費。在扶貧項目的立項報批爭資和項目監督管理過程中，必然發生資料費、差旅費等開支。為了防止擠占挪用專項資金，即便財政不能配套專項資金，但是，預算其工作經費是完全必要的；而且數量不多，也是可能的。
（二）開展專項資金效益審計
專項資金從設立到使用，經歷了資金籌集、管理、分配、使用多個環節，那么審計亦應當注重檢查這些環節的真實性與合規性，并且注重檢查與評價其效益。這樣的要求，不僅適應審計工作，而且適合相關管理機構對專項資金的監管。
1.資金來源審計。地方單位的專項資金來源，一是上級撥入專項款；二是地方按現行政策規定籌集行政事業性收費、政府基金和群眾“一事一議”資金。對上級撥款部分，主要依據項目計劃從財政或其他主管部門查其資金的撥款、到位情況。主要查上級下達的指標文件（或撥款追加單）、與上級往來、指標賬、年度結算表等資料即可；對地方籌集的行政事業性收費、政府基金、群眾“一事一議”資金，應當按照相關政策規定檢查，防止多收、少收、亂收費和違背群眾意愿搞不切實際的“政績工程”、“形象工程”。
2.資金分配與管理審計。一是采用會計資料查閱法、存款帳戶檢查法、項目跟蹤抽查法等方法，圍繞批復的項目計劃檢查資金的分配情況及其撥付資金的時間。看有關管理部門是否做到足額分配、及時撥付。有無隨意改項、滯留截留、擠占挪用的問題；二是采用查閱法、計算法、調查法等方法，檢查項目開支的真實、合規性和項目管理的程序。有無顯性、隱性或者巧立名目擠占挪用甚至侵占、貪污專項資金的問題；三是采用查閱法、訪談法等方法，檢查項目資金的會計核算是否做到具體分“項”，內控制度設立的完備性和執行的有效性。
3.對其效益審計，應以社會公共產品建設、經濟效益項目兩個方面分別作檢查與評價。對社會公共產品建設項目，主要是看項目實施是否遵循規定程序，是否完成預定任務，受益范圍是否能達到預期目標；對經濟效益項目，除檢查是否執行規定程序、完成預定任務外，還應當遵循投入產出原理，運用“價值工程法”、“凈現值法”、“內含報酬率法”、“現值指數法”、“投資收益率法”、“投資回收期法”等指標檢查項目是否達到預期目標。