專項資金是指國家為了扶持、發展某項事業而專門設立的，具有專門來源和專門用途的資金。專項資金的來源包括國家安排撥付資金、地方財政配套資金和項目實施單位自籌資金，以及具有專門用途的行政事業性收費、政府基金、群眾“一事一議”資金等；使用范圍及其金額由該專項資金設立機構確定。加強專項資金管理，就是加強專項資金的籌集、存儲、記賬、分配、使用等全過程的經濟性、效率性、效果性、科學性的考核與評價以及適時采用必要的管理措施，使有限的資金發揮較大的經濟、社會效益。
一、專項資金管理中存在的主要問題及原因
1. 擠占挪用現象時有發生。如一些單位日常運行經費預算不足，加上少數人員認為“媒人不貼女來嫁”(做某件事就應當在該事項中開支費用)，則在扶貧資金等專項資金中列支立項爭資前期費用和單位其他工作所用辦公費、小車費、差旅費、招待費等。
其表現方式主要有直接在專項資金中報銷有關費用的顯性擠占挪用；有與機關經費收、支混合列賬，專項資金余額有數無錢的隱性擠占挪用；有巧立名目套出資金用于機關日常運行支出的故意擠占挪用；有時還有個別經辦人員個人的挪用、侵占、貪污等等。
2. 個別單位亂收“立項爭資前期費”。有的管理機構因為本單位的日常運行經費拮據，加上立項爭資中確實也增加了資料費、差旅費等經費支出。在無正當經費來源的情況下，即按10%或15%向項目實施單位收取“立項爭資前期費”；還有個別地方政府為了鼓勵立項爭資，也出臺了一定比例的爭資獎勵辦法，以致個別單位亂收“立項爭資前期費”。
3. 專項資金存款利息收入，不按規定列作專項資金。
4. 擅自改變項目計劃和資金投向。有的地方專項資金管理機構或項目實施單位因原報批項目論證不科學，或項目批準后實際情況發生了變化（如鄉鎮村組建制調整、鄉村學校布局改變），或領導干部“拍腦袋定決策”、“建設自己的家鄉”等干預，擅自改變項目計劃和資金投向的現象時有發生。
5.一些工程項目管理尤其是小金額項目管理不規范。專項資金實施的項目，應當與其他工程項目一樣，實行嚴格的工程管理規范。如科學論證制、民主決策制、項目業主制、招投標制、公開采購制、質量監理制、預算決算制、驗收審計制、資料規范制、質量保證制等制度。但是，實施中一些項目缺少這樣那樣的程序和手續。如審計中發現小金額項目的造價預算（估算）書未保留，工程結賬發票不規范，未按要求預留工程質量保證金等問題。
6.會計核算混亂。相當一部分單位的專項資金核算看不出“專項”。有的與機關經費混合核算；有的雖然劃分了專項資金科目，但未具體到“項目”或者“什么項目”。如某縣畜牧局近年來管理實施專項資金的項目大大小小40多個，接受檢查、審計時，就集中項目管理人員、財務人員花數天時間對其分“項”。有的單位甚至為了應付檢查，將本單位所管的多個專項資金科目隨意“調賬”。
7.隨意多收少收行政事業性收費、政府基金。對行政事業性收費、政府基金的設定原則是，涉及國土等資源型的收費，一般不得少收；對辦證等管理性的收費，一般不準多收。但是，實際操作中，常有少收、多收、無規定名目亂收的現象。
8.地方財政配套資金不足，群眾投勞計劃不科學。如扶貧資金的立項計劃，差不多都有地方財政配套和群眾投勞的計劃。但往往是扶貧地方財政也困難，難以配套資金；群眾投勞計劃幾乎查不到預算。這樣的項目，雖經立項審批，實際上很難達到預期目的；而且審計時或者社會公眾難以對其實施效益、效果檢查。
9.個別政策的設定不科學。據有關資料反映，2003—2004年，重慶市發放一般扶貧貼息貸款18.6億元，財政為此貼息4500萬元。但是，市扶貧辦和18個貧困區縣扶貧辦僅收取“扶貧義務金”350多萬元，使用扶貧貼息貸款的單位履行扶貧義務較差，根源在于重慶市扶貧辦、財政局、農行重慶分行《使用扶貧貼息貸款履行扶貧義務管理暫行規定》（渝扶辦發［2003］10號）對此事項的設定不科學。該《規定》對扶貧貼息貸款使用單位怎樣履行扶貧義務只規定了方向，但標準不明確，用款單位履行扶貧義務存在很大的隨意性。該貸款的扶貧效益不高；該《規定》且還存在所收取的扶貧義務金使用范圍不明確、用款單位以其他方式履行扶貧義務怎樣監管的問題。