新企業所得稅納稅申報主表以會計核算為基礎，以稅法規定為標準進行間接納稅調整，即在利潤總額的基礎上通過納稅調整，確定年度應稅所得額。因反映在利潤總額中的投資收益并不等于企業所得稅法所規定的權益性投資收益，按權益法核算的長期股權投資收益和稅法上確認的投資收益不一致，所以在計算應稅所得額時，應對權益法下核算的長期股權投資收益進行納稅調整。
　　一、權益法下長期股權投資對初始投資成本調整確認收益的調整
　　權益法核算下企業取得的長期股權投資，初始投資成本小于取得投資時應享有的被投資單位可辨認凈資產公允價值份額的，應對長期股權投資賬面價值進行調整，計人取得投資當期的損益。而企業所得稅法規定企業對外進行權益性投資，通過支付現金取得的投資資產，以購買價為成本；通過支付現金以外的方式取得的投資資產，以該項資產的公允價值和支付的相關稅費為成本；初始投資成本小于被投資單位凈資產公允價值的部分不計入計稅所得額，計算所得稅時應作納稅調整調減項目處理。
　　[例1]甲企業于2007年1月取得對乙公司40%的股權，支付價款1500萬元，取得被投資單位凈資產公允價值4000萬元；甲企業對該項投資采用權益法核算；長期股權投資的初始成本1500萬元小于取得投資時應享有被投資單位可辨認的凈資產公允價值1600萬，差額100萬元在會計核算作為營業外收入處理，計算應納所得稅時，納稅調整減少金額100萬元。
　　二、權益法下長期股權投資持有期間投資損益的調整
　　企業取得長期股權投資后，采用權益法核算的，應按照應享有或應分擔被投資單位實現的凈利潤或發生的凈虧損份額，調整長期股權投資的賬面價值，并確認為當期損益。而在計算所得稅時，這部分投資收益并不計入應稅所得額；被投資單位發生的損失，按稅法規定由被投資單位進行彌補，投資單位不得將權益法下確認的投資損失在所得稅前扣除，因此需要做納稅調整處理。來源：會計師事務所
　　[例2]A公司2006年12月取得B公司40%的股權，采用權益法核算；B公司2007年實現凈利潤3000萬元；A公司按持股比例應享有被投資單位的凈利潤1200萬元，在會計核算上作為貸記投資收益處理，增加當期利潤總額；但是該項投資收益按稅法規定不計入應稅所得納稅，因此計算納稅時應調減應稅所得額1200萬元；如果B公司2007年虧損3000萬元，企業在會計核算上已作借記投資收益處理，減少當期利潤總額，因該項投資損失不能在稅前扣除，故納稅調增增加額1200萬元。
　　三、權益法下投資企業從被投資單位分得現金股利或利潤的調整