第二十五條 地方稅務機關在清算審核、納稅評估、稽查檢查工作中，發現納稅人有下列情況之一的，可以按確定的銷售收入進行核定征收土地增值稅（征收率另行制定）。
    （一）依照法律、行政法規的規定應當設置但未設置賬簿的；
    （二）擅自銷毀賬簿或者拒不提供納稅資料的；
    （三）雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以確定轉讓收入或扣除項目金額的；
    （四）符合土地增值稅清算條件，未按照規定的期限辦理清算手續，經稅務機關責令限期清算，逾期仍不清算的；
    （五）申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。
    第二十六條 主管地方稅務機關通過清算審核對清算項目需要進行核定征收的，應向納稅人開具《土地增值稅清算終止核準通知書》和《土地增值稅核定征收通知書》（見附件9）。
    地方稅務機關通過對房地產開發項目納稅評估或稽查檢查需要進行核定征收的，應向納稅人開具《土地增值稅核定征收通知書》。
    第二十七條 經地方主管稅務機關清算審核后，需辦理退還土地增值稅手續的，依照《北京市地方稅務局退稅管理暫行辦法》（京地稅征〔2003〕686號）規定的程序辦理退稅手續。
    第二十八條 主管稅務機關負責將清算工作中形成的資料與原保存的該項目稅務資料按照《北京市地方稅務局稅務檔案管理辦法》（京地稅檔〔2004〕73號）的有關規定合并立卷。對于成片開發分批清算土地增值稅的項目，應在全部辦理清算土地增值稅稅款工作后再進行歸檔。
    第六章 對稅務中介機構的管理
    第二十九條 房地產開發企業土地增值稅清算專項鑒證業務，可由納稅人自行委托經北京市注冊稅務師管理中心備案的稅務中介機構進行。
    第三十條 稅務中介機構應對不同用途的房地產開發清算項目所涉及的收入、成本、費用等情況加以區分并說明情況。
    第三十一條 稅務中介機構對清算項目的總體基本情況、不同用途的面積劃分情況、銷售收入、成本及費用等情況進行鑒證。稅務中介機構應按稅務機關規定的《鑒證報告》范本和內容對鑒證情況出具《鑒證報告》，供稅務部門參考，并接受稅務機關要求提供清算項目鑒證工作底稿的查驗核實工作。
    第三十二條 對稅務中介機構出具的《鑒證報告》，經稅務機關審核退回后，仍未達到清算要求的，將不允許再從事土地增值稅清算鑒證業務工作。
    第七章 清算處罰
    第三十三條 對房地產開發企業納稅人存在未及時、如實進行土地增值稅清算申報、提供虛假納稅資料、偷稅等稅收違法行為的，按照《中華人民共和國稅收征收管理法》第六十二條、六十三條、六十四條等有關規定進行處罰。
    第三十四條 稅務機關在土地增值稅清算審核工作中，一經發現稅務中介機構違反有關稅收法律、法規出具虛假鑒證報告，造成納稅人少繳、未繳土地增值稅的，除按照《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》第九十八條規定進行處罰外，還應對違紀單位進行通報，凡對被通報的稅務中介機構出具的鑒證報告，在辦理土地增值稅清算工作時均不予認可。
    第八章 附則
    第三十五條 本辦法所涉及各文書和表格均列舉在附件中。
    第三十六條 此前規定與本辦法不一致的，按本辦法執行。
    第三十七(qi)條 原《北京(jing)市地(di)方稅務局(ju)關于印發房地(di)產開發企(qi)業土地(di)增值稅清算(suan)管理辦法(fa)的通知》（京(jing)地(di)稅地(di)〔2007〕134號）廢止。