《企業所得稅法》及新《營業稅暫行條例》及細則實施后，總機構向分支機構收取管理費不可在稅前扣除，而是按獨立交易原則確認。因此，上述各地關于總機構管理費不征或免征營業稅的規定自然失效。

　　那么，總機構向分支機構收取管理費如何繳納營業稅，我們可以就不同情況進行分析：

　　一、總分公司之間收取管理費的情況。新《營業稅暫行條例實施細則》對“有營業稅納稅義務的單位”的解釋為：發生應稅行為并收取貨幣、貨物或者其他經濟利益的單位，但不包括單位依法不需要辦理稅務登記的內設機構。該規定解決了分公司或分支機構可以單獨作為納稅人問題，同時解決單位內部發生應稅行為不納稅問題。內設機構通常不能單獨用本機構的名義行使職權，要通過所從屬的獨立機構的名義來行使所賦予的職權。

　　因此，對總分公司之間收取管理費或服務費，對收取一方如果是不需辦理稅務登記的內設機構，則不繳納營業稅。

　　二、母子公司之間收取管理費的情況。母子公司都是法人企業，均為營業稅的納稅人，相互之間提供勞務應按正常的勞務進行處理，這一點與國家稅務總局《關于母子公司間提供服務支付費用有關企業所得稅處理問題的通知》（國稅發〔2008〕86號）的規定是一致的，對母公司向其子公司提供各項服務，雙方應簽訂服務合同或協議，明確規定提供服務的內容、收費標準及金額等，凡按上述合同或協議規定所發生的服務費，母公司應作為營業收入申報納稅，子公司作為成本費用在稅前扣除。但母公司以管理費形式向子公司提取費用，子公司因此支付給母公司的管理費，不得在稅前扣除，同時對母公司自行收取的管理費，應該屬于服務性質的收費，應按“服務業”稅目繳納營業稅。

　　三、向非居民企業支付管理費的情況。根據《營業稅暫行條例實施細則》第四條對境內提供條例規定的勞務的界定：提供或者接受條例規定勞務的單位或者個人在境內，因此，對中國境內企業接受境外企業的管理服務而支付的管理費，由于接受方在中國境內，也應繳納營業稅。