討論總機構收取的管理費是否繳納營業稅，首先要了解總機構管理費的企業所得稅規定，因為總機構收取管理費的營業稅處理規定源于企業所得稅的規定。原《外商投資和外國企業所得稅法》規定，企業不得列支向其關聯企業支付的管理費。原《企業所得稅法》規定，凡具備企業法人資格和綜合管理職能，并且為其下屬分支機構和企業提供管理服務又無固定經營收入來源的經營管理與控制中心機構（以下簡稱總機構），可以按照有關規定，向下屬分支機構和企業提取（分攤）總機構管理費。

　　新《企業所得稅法》第四十九條規定，企業之間支付的管理費不得扣除。該文件明確，無論是內資企業還是外資企業，無論接受關聯方還是非關聯方提供的管理或其他形式的管理服務而發生的管理費，均不得扣除。企業之間支付的管理費，既有總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，也有獨立法人的母子公司等集團之間提供的管理費。由于企業所得稅法采取法人所得稅制，對總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，通過總分機構自動匯總得到解決。對屬于不同獨立法人的母子公司之間，其真實發生的提供管理服務的管理費，應按照獨立企業之間公平交易原則確定管理服務的價格，作為企業正常的勞務費用進行稅務處理，不得再采用分攤管理費用的方式在稅前扣除，從而避免重復扣除的情況。

　　雖然《企業所得稅法》遵循的是法人稅制，但根據其第三條的規定，在中國境內設立機構、場所的非居民企業在中國只負有限的納稅義務，就其在中國境內所設立的機構、場所獲取的來源于中國境內的所得和來源于境外但與所設機構、場所有實際聯系的所得納稅。若不允許非居民企業在中國境內所設機構、場所，分攤其在中國境外總機構所發生的有關費用，可能會出現這些機構、場所的特定生產經營活動費用支出無法得以體現，也不符合收入與支出的配比原則，因此，新《企業所得稅法》沿襲了原《外商投資和外國企業所得稅法實施細則》的規定，允許非居民企業向其在中國境內設立的機構、場所分攤有關費用。

　　對此，《企業所得稅法》第五十條作了特殊處理，規定非居民企業在中國境內設立的機構、場所，就其中國境外總機構發生的與該機構、場所生產經營有關的費用，能夠提供總機構出具的費用匯集范圍、定額、分配依據和方法等證明文件，并合理分攤的，準予扣除，但必須滿足三個條件。

　　關于總機構收取分支機構的管理費是否繳納營業稅的問題，財政部、國家稅務總局并沒有明確的文件出臺，各地在執行過程中有不同的規定。有的地方按照經營性收費征收營業稅，但也有的地方免征或不征營業稅，如安徽省、廣東省地稅部門曾規定，基于原企業所得稅法下，總機構管理費是為了解決經費不足問題，憑借資產和行政管理職能向下屬企業收取的，具有劃撥和統籌性質，同時，稅務機關在總機構申請收取管理費時在數額和比例上都作了嚴格的限制，且同意在稅前扣除，沒有必要再征收營業稅，對符合條件的總機構取得的管理費收入免征或不征營業稅。