新辦法中把資源與環境聯系起來，列為同一個條目，其中的關系不言而喻。原辦法中為“環境保護新技術”。
（八）高新技術改造傳統產業 環境保護新技術
新辦法把原辦法中的第十一項“其他在傳統產業改造中應用的新工藝、新技術科學技術部根據以上高新技術范圍 制定頒布高新技術產品目錄，并根據世界高新技術的發展對高新技術范圍和高新技術產品目錄適時進行補充和修訂”修改為“高新技術改造傳統產業”。
原辦法中的“海洋工程技術”和“核應用技術”已取消。并，新辦法對八個高新技術領域作了詳 細規定，詳細見：關于印發《高新技術企業認定管理辦法》的通知
三、細化了研發費用的比例并規定在我國境內研發費用的最低比例
新辦法中以銷售收入的規模，分別規定近三個會計年度的研究開發費用總額占銷售收入總額 的比例：1. 最近一年銷售收入小于5,000萬元的企業，比例不低于6%；
2. 最近一年銷售收入在5,000萬元至20,000 萬元的企業，比例不低于4%；
3. 最近一年銷售收入在20,000萬元以上的企業，比例不低于3%。
其中，特別 規定：企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%。企業注冊成立時間不足三年的，按實際經營年限計算。
原辦法中規定，“企業每年 用于高新技術及其產品研究開發的經費應占本企業當年總銷售額的５％以上。”
四、加強了對高新技術企業的后續管理
新辦法規定，“企業研究開發組織管理水平、科技成果轉化能力、自主知識產權數量、銷售 與總資產成長性等指標符合《高新技術企業認定管理工作指引》（另行制定）的要求。”
《高新技術企業認定管理工作指引》的制定將對我國高新技術企業進行有利的宏觀指導。
五、嚴格了認定的程序 明確 了提交資料
新辦法規定，程序分四步，首先企業進行自我評價并提出申請；其次，企業提供相關材 料：①高新技術企業認定申請書；②企業營業執照副本、稅務登記證（復印件）；③知識產權證書（獨占許可合同）、生產批文，新產品或新技術證明（查新）材 料、產品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料；④企業職工人數、學歷結構以及研發人員占企業職工的比例說明；⑤經具有資質的中 介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用情況表（實際年限不足三年的按實際經營年限），并附研究開發活動說明材料；⑥經具有資質的中介機構鑒證的企業 近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）以及技術性收入的情況表；再次，合規性審查；最后，認 定、公示與備案。