三、根據單位不同情況決定企業形式
　　由于事業單位具有分布較廣、類型復雜等特點，在轉制、改制過程中不能就改制單位的形態進行“一刀切”，而是要根據各個單位的不同特點來決定其改制的形式;從改制單位的股權設置角度來說，也不能片面強調國有資本全部退出，而要根據各單位的不同情況，在鼓勵經營者持大股的前提下，有選擇的保留部分國有股份。
　　根據大多數事業單位的實際情況，按照現代企業制度的要求，改制為有限責任公司是一種常見的做法。有限責任公司具有注冊資本要求較低、設立程序簡單、出資方式靈活、治理結構設置靈活、改制成本低等特點，比較適合于那些參股人數較少、企業資產不是很多的企業。改制成有限責任公司可以從產權制度改革上一步到位，有利于企業的經營層、主要經營者和業務骨干持大股。
　　股份合作制企業是我國由計劃經濟向市場經濟轉軌過程中發展出來的、獨具中國特色的企業組織形式。這種組織形式在歷史上具有積極的意義，但總的來說，仍然是向現代企業制度過渡的一種中間形態。隨著社會主義市場經濟的發展和企業規模的壯大，目前許多股份合作制企業正走向規范的股份制。因此，我們認為，除了對那些職工入股愿望強烈、人數較多的單位外，一般不宜再采用這類組織形式。
　　對于那些資產規模大、經濟效益好的單位，股份有限公司則是最佳的選擇。在設立股份有限公司時，我們認為有必要保留部分國有股份，同時也應積極吸收社會上的各種投資基金的介入。這樣，既能有效地保證國有資產的保值和增值，也能更深地加強企業同資本市場的聯系，使企業具有更強的生命力。
　　四、建立完善的企業治理結構
　　此次事業單位改制的總體目標是建立真正自主經營、自負盈虧、自我發展、自我約束的獨立的企業法人實體，那么在改制過程中就應該按照現代企業制度的要求來完善企業的治理結構，保證企業未來的正常運轉。
　　在現代企業制度中，股東會、董事會、監事會、經理層各司其職、各行其權。然而，我國的國有企業中普通存在的嚴重“內部人控制”、國有股權代表人缺位、董事會與監事會監督功能弱化等問題，往往容易導致國有資產的流失。因此本次事業單位改制，在改制企業的公司治理結構的設置上應注意以下幾點：
　　第一、依法建立完善的股東會、董事會、監事會，制訂具有明確可操作性的企業章程和議事規則。這首先從制度上構成了公司治理結構得以順利運行的保證。
　　第二、在企業內實行決策層和執行層的分離。一般來說，應盡量做到企業董事長、總經理分設，限制董事會中的經營人員人數，防止形成“內部人控制”的現象。