合(he)作(zuo)(zuo)建(jian)(jian)房(fang)(fang)，是(shi)開(kai)發(fa)(fa)商在土(tu)地(di)實(shi)施(shi)“招、拍、掛”之(zhi)前拿地(di)的(de)重要(yao)途徑之(zhi)一。利用該方式(shi)開(kai)發(fa)(fa)的(de)房(fang)(fang)地(di)產(chan)項(xiang)目(mu)，如(ru)今已基(ji)本(ben)符合(he)國(guo)家(jia)稅(shui)務總(zong)局《關于房(fang)(fang)地(di)產(chan)開(kai)發(fa)(fa)企業土(tu)地(di)增值(zhi)稅(shui)清算(suan)管(guan)理有關問題(ti)的(de)通(tong)知》（財(cai)稅(shui)[2006]187號）所規定的(de)清算(suan)條(tiao)件。由于《土(tu)地(di)增值(zhi)稅(shui)暫(zan)行條(tiao)例》、《土(tu)地(di)增值(zhi)稅(shui)暫(zan)行條(tiao)例實(shi)施(shi)細則》及(ji)相關配套文(wen)件不夠細化，在清算(suan)實(shi)務中對(dui)于合(he)作(zuo)(zuo)建(jian)(jian)房(fang)(fang)的(de)判定仍存在一定問題(ti)。本(ben)文(wen)舉例對(dui)合(he)作(zuo)(zuo)建(jian)(jian)房(fang)(fang)相關土(tu)地(di)增值(zhi)稅(shui)清算(suan)問題(ti)進行分析。

甲房(fang)地產開發(fa)公(gong)(gong)司(si)(si)(si)（以(yi)下(xia)簡(jian)稱“甲公(gong)(gong)司(si)(si)(si)”）與(yu)乙(yi)(yi)經濟開發(fa)公(gong)(gong)司(si)(si)(si)（以(yi)下(xia)簡(jian)稱“乙(yi)(yi)公(gong)(gong)司(si)(si)(si)”）簽訂合作建房(fang)協(xie)議(yi)，共同開發(fa)A房(fang)地產項(xiang)目，甲公(gong)(gong)司(si)(si)(si)負責(ze)投(tou)入資金及(ji)全部開發(fa)活動，乙(yi)(yi)公(gong)(gong)司(si)(si)(si)將其所有的(de)土(tu)(tu)地使用權(quan)投(tou)入該項(xiang)目，建成后乙(yi)(yi)公(gong)(gong)司(si)(si)(si)分得30%的(de)房(fang)產（包括住宅(zhai)及(ji)商(shang)鋪），甲公(gong)(gong)司(si)(si)(si)分得其余房(fang)產。后經協(xie)商(shang)，乙(yi)(yi)公(gong)(gong)司(si)(si)(si)將分得房(fang)產的(de)住宅(zhai)部分以(yi)2000元/平方米(mi)出售(shou)給甲公(gong)(gong)司(si)(si)(si)，共分得價(jia)款1200萬(wan)元，其余4000平方米(mi)商(shang)鋪自(zi)用，并開具轉讓土(tu)(tu)地使用權(quan)的(de)發(fa)票給甲公(gong)(gong)司(si)(si)(si)。

一(yi)、若乙公(gong)司(si)只取得房(fang)(fang)屋自用，根(gen)據財政部、國家稅(shui)務總局《關于土(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)一(yi)些具體問題規定的(de)通知》（財稅(shui)字[1995]48號）規定，對于一(yi)方出地(di)(di)，一(yi)方出資金，雙方合(he)作(zuo)建(jian)房(fang)(fang)，建(jian)成(cheng)后按(an)比(bi)例(li)分(fen)房(fang)(fang)自用的(de)，暫免征(zheng)(zheng)土(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)，建(jian)成(cheng)后轉(zhuan)讓(rang)的(de)，應征(zheng)(zheng)收(shou)土(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)。因此，對乙公(gong)司(si)暫免征(zheng)(zheng)收(shou)土(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)，以(yi)后該公(gong)司(si)將分(fen)得的(de)房(fang)(fang)產轉(zhuan)讓(rang)應首(shou)先按(an)轉(zhuan)讓(rang)土(tu)地(di)(di)使(shi)用權(quan)(quan)計算合(he)作(zuo)建(jian)房(fang)(fang)需(xu)繳納的(de)土(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)，以(yi)分(fen)得房(fang)(fang)產當時的(de)公(gong)允(yun)價值(zhi)(zhi)作(zuo)為轉(zhuan)讓(rang)土(tu)地(di)(di)使(shi)用權(quan)(quan)的(de)收(shou)入，再對轉(zhuan)讓(rang)的(de)房(fang)(fang)產按(an)轉(zhuan)讓(rang)舊房(fang)(fang)及建(jian)筑物(wu)征(zheng)(zheng)收(shou)土(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)(zhi)稅(shui)。其公(gong)允(yun)價值(zhi)(zhi)可按(an)財稅(shui)[2006]187號文件(jian)第三(san)條第（一(yi)）款的(de)要(yao)求確(que)認：

1、按本企(qi)業在同(tong)一地(di)區、同(tong)一年度銷售的同(tong)類房地(di)產(chan)的平均價格確(que)定；

2、由主管稅務(wu)機關參照當(dang)地(di)當(dang)年、同類房(fang)地(di)產(chan)的(de)市場價格(ge)或(huo)評估價值確定。對(dui)甲(jia)公(gong)司來說(shuo)，相當(dang)于用其(qi)建好的(de)房(fang)產(chan)換取土地(di)使(shi)用權(quan)，其(qi)應(ying)將分(fen)給(gei)乙(yi)公(gong)司房(fang)產(chan)的(de)公(gong)允價值計(ji)入開發成本，并(bing)將該部分(fen)公(gong)允價值計(ji)入銷售收入。

二、若乙公司將土地使用權作價投入甲公司，換取甲公司一定股份再由甲公司開發該項目，根據財稅[2006]21號文件的規定，自2006年3月2日起，對于以土地（房地產）作價投資入股進行投資或聯營的，凡所投資、聯營的企業從事房地產開發的，或者房地產開發企業以其建造的商品房進行投資和聯營的，均不適用財稅字[1995]48號文件第一條暫免征收土地增值稅的規定，應按規定繳納土地增值稅。所以，應將乙公司所獲取甲公司股份的協議價或評估價作為轉讓收入，按轉讓土地使用權計算其應繳土地增值稅。對甲公司來說，應將乙公司投入的土地協議價或評估價作為取得土地使用權的成本在清算土地增值稅時予以扣除。