舉例(li)：某房地(di)產開發公司開發商(shang)(shang)住(zhu)混(hun)合樓項目(mu)，商(shang)(shang)業(ye)項目(mu)面積(ji)1000平(ping)方米，普(pu)通(tong)標準住(zhu)宅面積(ji)為(wei)5000平(ping)方米，合計6000平(ping)方米。該(gai)混(hun)合樓項目(mu)土地(di)成(cheng)(cheng)本(ben)為(wei)120萬(wan)元(yuan)，房屋開發成(cheng)(cheng)本(ben)600萬(wan)元(yuan)，其他費(fei)用按比例(li)扣(kou)除。假如(ru)該(gai)商(shang)(shang)業(ye)項目(mu)收(shou)入(ru)為(wei)500萬(wan)元(yuan)，普(pu)通(tong)標準住(zhu)宅收(shou)入(ru)為(wei)500萬(wan)元(yuan)，合計1000萬(wan)元(yuan)。營業(ye)稅金及附加55萬(wan)元(yuan)。

（1）商鋪和住宅(zhai)合并一個單位計(ji)(ji)算土(tu)地(di)(di)增值稅：扣(kou)除項目＝土(tu)地(di)(di)成本＋房(fang)屋開發成本＋費用扣(kou)除10%＋加(jia)計(ji)(ji)扣(kou)除20%＋稅金＝120＋600＋（120＋600）×10%＋（120＋600）×20%＋55＝991（萬元）。

增值額(e)＝收(shou)入－扣除(chu)項(xiang)(xiang)目＝（500＋500）－991＝9（萬元(yuan)）。增值率＝增值額(e)÷扣除(chu)項(xiang)(xiang)目×100%＝9÷991×100%＝0.9%.低于(yu)50%，適用(yong)30%的稅(shui)率。應納的土地(di)增值稅(shui)：9×30%＝2.7（萬元(yuan)）。

（2）將普通(tong)(tong)住(zhu)宅(zhai)和(he)商鋪(pu)分為兩(liang)個清算單位(wei)計算土地增(zeng)值稅(shui)（按面積(ji)分攤成本費用）：普通(tong)(tong)標(biao)準住(zhu)宅(zhai)扣除(chu)項目為＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（萬元）。增(zeng)值額＝500－807.5＝－307.5（萬元），無增(zeng)值額不納稅(shui)。

商業扣除項目(mu)＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（萬元）；增值額＝500－183.5＝316.5（萬元）；增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，適用(yong)50%的稅率；商業項目(mu)應(ying)納土(tu)地增值稅＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（萬元）。

計(ji)算(suan)結果可知，將商鋪和住(zhu)宅合并計(ji)算(suan)土(tu)地增值(zhi)(zhi)稅(shui)為2.7萬(wan)元(yuan)，分(fen)開計(ji)算(suan)則應(ying)納稅(shui)130多萬(wan)元(yuan)。在實(shi)踐中，對于同(tong)(tong)一(yi)個開發(fa)項(xiang)目(mu)中有(you)不同(tong)(tong)類型房地產(chan)的，有(you)的稅(shui)務機關允(yun)許納稅(shui)人自(zi)行選擇是(shi)否(fou)(fou)分(fen)開核算(suan)分(fen)別清(qing)(qing)算(suan)繳(jiao)納增值(zhi)(zhi)稅(shui)。但新(xin)文件第十七條規定，清(qing)(qing)算(suan)審核時，應(ying)審核房地產(chan)開發(fa)項(xiang)目(mu)是(shi)否(fou)(fou)以(yi)(yi)國家有(you)關部門審批、備案(an)的項(xiang)目(mu)為單(dan)位進行清(qing)(qing)算(suan)；對于分(fen)期開發(fa)的項(xiang)目(mu)，是(shi)否(fou)(fou)以(yi)(yi)分(fen)期項(xiang)目(mu)為單(dan)位清(qing)(qing)算(suan)；對不同(tong)(tong)類型房地產(chan)是(shi)否(fou)(fou)分(fen)別計(ji)算(suan)增值(zhi)(zhi)額、增值(zhi)(zhi)率，繳(jiao)納土(tu)地增值(zhi)(zhi)稅(shui)。

也就(jiu)是說，納稅人不(bu)(bu)能(neng)將不(bu)(bu)同(tong)類型房地產、分期開發(fa)的項(xiang)(xiang)目和(he)不(bu)(bu)同(tong)審批(pi)備案的項(xiang)(xiang)目合在一起清(qing)算(suan)(suan)，避免平均(jun)不(bu)(bu)同(tong)清(qing)算(suan)(suan)單(dan)位增(zeng)值(zhi)額的現象。

解(jie)決了扣除項目(mu)的五個模糊點

（1）計(ji)算扣除(chu)項(xiang)目(mu)金額(e)時，其實(shi)際(ji)發生(sheng)的(de)支(zhi)出(chu)應當取(qu)得但未取(qu)得合法憑據的(de)不(bu)(bu)得扣除(chu)，且扣除(chu)項(xiang)目(mu)金額(e)中所歸(gui)集(ji)的(de)各項(xiang)成本(ben)和費(fei)用(yong)，必(bi)須是(shi)實(shi)際(ji)發生(sheng)的(de)。這一(yi)點與房地產企業所得稅中對(dui)有(you)些成本(ben)費(fei)用(yong)可以預提扣除(chu)的(de)規定不(bu)(bu)同。

（2）拆遷(qian)補償費不一定需(xu)要取得稅(shui)務發票，但強調是否(fou)實際發生，尤其是支(zhi)付給(gei)個人的拆遷(qian)補償款、拆遷(qian)（回遷(qian)）合同和(he)簽(qian)收(shou)花名冊(ce)或(huo)簽(qian)收(shou)憑(ping)證是否(fou)一一對應(ying)。

（3）要求正確區分開發成本和開發費用。由于計算土地增值稅扣除項目時，開發成本可以加計20%扣除，所以，有的納稅人希望加大開發成本，可能將在期間費用中列支的開發費用也計入前期工程費、基礎設施費或開發間接費用，以擴大扣除金額，少計算增值額從而少納稅。因此，稅務機關不允許將開發費用計入開發成本中的前期工程費、基礎設施費和開發間接費用等。