對取得土地使用權時未支付地價款或不能提供已支付的地價款憑據的，不允許扣除取得土地使用權所支付的金額。
另外，納稅人轉讓舊房及建筑物時因計算納稅的需要而對房地產進行評估，其支付的評估費用允許在計算增值額時予以扣除。
關于新建房與舊房的界定問題，新建房是指建成后未使用的房產。凡是已使用一定時間或達到一定磨損程度的房產均屬舊房。使用時間和磨損程度標準可由各省、自治區、直轄市財政廳(局)和地方稅務局具體規定。
(二)提供扣除項目金額不實的，應由評估機構按照房屋重置成本價乘以成新度折扣率計算的房屋成本價和取得土地使用權時的基準地價進行評估。稅務機關根據評估價格確定扣除項目金額。但對納稅人隱瞞、虛報房地產成交價格等情形而按房地產評估價格計算征收土地增值稅所發生的評估費用，不允許在計算土地增值稅時予以扣除。
(三)納稅火轉讓舊房的，如不能取得評估價格，計算土地增值稅時如何確定準予扣除的項目?
《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》(財稅[2006]21號)規定：納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，可以將《土地增值稅暫行條例》第六條第(一)項規定的取得土地使用權所支付的金額和第(三)項規定的舊房及建筑物的評估價格的金額，按發票所載金額并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5％計算。
例如，以10萬元購買房屋，第8年時轉讓，轉讓時不能取得評估價格，不考慮其他的扣除項目，此時的扣除金額為10*(1+5％*8)=14(萬元)。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準予作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除，但不作為加計5％的基數。
(四)對于轉讓舊房及建筑物，既沒有評估價格，又不能提供購房發票的，地方稅務機關可以根據《稅收征管法》第三十五條的規定，實行核定征收。
關于土地增值稅的核定征收包括如下：對非房地產開發企業而言，本例中的農村合作銀行雖非房地產開發企業，但鑒于其能取得房產原值的原始發票，所以可以按財稅[2006]21號的規定進行扣除項目的認定，并據以計算土地增值稅；如果既沒有評估價格，又不能提供購房發票的，可按照稅務部門核定的征收率進行計算征收。
但本(ben)例中(zhong)的(de)稅務機關按預征(zheng)率進行征(zheng)收(shou)(shou)是不合(he)適的(de)，因為(wei)(wei)預征(zheng)以后，還要清算。由(you)于該行所(suo)轉(zhuan)讓的(de)房地產是一次性行為(wei)(wei)，不存在預征(zheng)問題，實行核定(ding)征(zheng)收(shou)(shou)．實際(ji)上(shang)就(jiu)是進行了清算。