我市某農村信用合作聯社，經所在省監管局批準，于2008年正式改制為農村合作銀行。近期，稅務機關在對該行2007及2008兩個年度進行稅務檢查時發現，該行從2007年起以機構改革、資產整合為由對所轄鄉鎮等機構的房產進行分批處置，但均未申報繳納營業稅及土地增值稅，當地稅務部門決定對其銷售不動產補繳營業稅。但是，由于該行所處置的不動產均為自行處置，未經過合法的評估機構評估，僅能提供房產原值，稅務機關比照房地產開發企業的相關規定，按照預征率對其轉讓房地產的行為進行了征收。為此，該行財務人員提出異議認為，有的房產并未實現增值，甚至還虧損，這樣統一征收土地增值稅是否合適?
首先應予指出的是，由于該行屬于非房地產開發企業，對其轉讓房地產中收入及扣除項目的認定，應按照《土地增值稅暫行條例》及實施細則等相關文件的規定進行。以納稅人轉讓房地產所取得的收入減除計算增值額的扣除項目后的余額計算繳納，對轉讓收入或扣除項目存在不實情形的，可以進行評估或核定征收，按預征率進行清算是不合適的，這里要區分以下幾種情形進行具體認定。
收入的認定
納稅人轉讓房地產所取得的收入。包括轉讓房地產的全部價款及有關的經濟收益，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。但對納稅人有下列情形之一的，按照房地產評估價格計算征收。
(一)轉讓房地產的成交價格低于房地產評估價格，又無正當理由的，由稅務機關參照房地產評估價格確定轉讓房地產的收入。這主要指納稅人申報的轉讓房地產的實際成交價低于房地產評估機構評定的交易價，納稅人又不能提供憑據或無正當理由的行為。
(二)隱瞞、虛報房地產成交價格，應由評估機構參照同類房地產的市場交易價格進行評估，稅務機關根據評估價格確定轉讓房地產的收入。
同時，《財政部、國家稅務總局、國家國有資產管理局關于轉讓國有房地產征收土地增值稅中有關房地產價格評估伺題的通知》(財稅[1995]61號)規定，凡轉讓國有土地使用權、地上建筑物及其附屬物的納稅人，按照土地增值稅的有關規定，需要根據房地產的評估價格計稅的，可委托經政府批準設立，并按照《國有資產評估管理辦法》規定的由省以上國有資產管理部門授予評估資格的資產評估事務所、會計師事務所等各類資產評估機構受理有關轉讓房地產的評估業務。
扣除項目金額的認定
轉讓房地產扣除項目金額的認定，《財政部、國家稅務總局關于土塒曾值稅一些具體問題規定的通知》(財稅[1995]48號)規定以下幾個方面。
(一)關于轉讓舊房如何確定扣除項目金額。
轉讓舊房，應按房屋及建筑物的評估價格、取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用以及在轉讓環節繳納的稅金作為扣除項目金額計征土地增值稅。