企業所得稅法第二十七條第（三）項及其實施細則第八十八條規定，符合條件的沼氣綜合開發利用屬于環境保護、節能節水項目，可以享受“三免三減半”優惠。《環境保護、節能節水項目企業所得稅優惠目錄（試行）》具體指定項目為“畜禽養殖場和養殖小區沼氣工程項目”，需符合的條件包括：1.單體裝置容積不小于300立方米，年平均日產沼氣量不低于300立方米/天，且符合國家有關沼氣工程技術規范的項目；2.廢水排放、廢渣處置、沼氣利用符合國家和地方有關標準，不產生二次污染；3.項目包括完整的發酵原料的預處理設施、沼渣和沼液的綜合利用或進一步處理系統，沼氣凈化、儲存、輸配和利用系統；4.項目設計、施工和運行管理人員具備國家相應職業資格；5.項目按照國家法律法規要求，通過相關驗收；6.國務院財政、稅務主管部門規定的其他條件。此項條款應重點關注的是：優惠主體為畜禽養殖場和養殖小區，而不是沼氣廠。
 

　　企業(ye)所(suo)得(de)稅(shui)法第(di)三(san)十三(san)條及(ji)(ji)其實施細則第(di)九十九條規(gui)定(ding)，企業(ye)以《資源(yuan)綜合(he)利(li)用企業(ye)所(suo)得(de)稅(shui)優惠(hui)目錄》規(gui)定(ding)的資源(yuan)作(zuo)為(wei)主要原(yuan)材料，生(sheng)產(chan)國家(jia)非(fei)限制和禁止并符合(he)國家(jia)和行業(ye)相關標準的產(chan)品(pin)(pin)取(qu)得(de)的收(shou)入，減按90%計入收(shou)入總(zong)額(e)。《資源(yuan)綜合(he)利(li)用企業(ye)所(suo)得(de)稅(shui)優惠(hui)目錄》指明(ming)：農作(zuo)物秸(jie)(jie)稈(gan)及(ji)(ji)殼(ke)皮(pi)為(wei)原(yuan)料，生(sheng)產(chan)代(dai)木產(chan)品(pin)(pin)、電力、熱力、燃氣(qi)，產(chan)品(pin)(pin)原(yuan)料70%以上(shang)來自農作(zuo)物秸(jie)(jie)稈(gan)及(ji)(ji)殼(ke)皮(pi)即符合(he)規(gui)定(ding)。

　　優惠競合

　　不同的(de)優惠(hui)條(tiao)(tiao)款前提條(tiao)(tiao)件不同，存在競合現象——能(neng)享受此條(tiao)(tiao)優惠(hui)就(jiu)不能(neng)享受彼條(tiao)(tiao)優惠(hui)。

　　同時以秸稈和畜禽(qin)糞便(bian)為生產(chan)原料生產(chan)沼(zhao)氣，就(jiu)存在兩(liang)者比例(li)的問題。具體比例(li)如(ru)何，直接(jie)關系(xi)到能享(xiang)受(shou)哪條(tiao)優惠。

　　如果畜禽糞便生(sheng)產占生(sheng)產原料(liao)比重80%以(yi)上，可(ke)以(yi)享受(shou)增值稅即征即退100%優惠。但(dan)與此同時(shi)，其秸稈占生(sheng)產原料(liao)比例必然(ran)達不到(dao)70%，不能享受(shou)企業所得稅減計收入優惠。

　　如果秸稈占生產原(yuan)料比例在70%以上，可(ke)以享受企(qi)業所得(de)稅(shui)(shui)減計(ji)收入(ru)優惠。但(dan)與(yu)此同(tong)時，其(qi)畜禽(qin)糞便(bian)占生產原(yuan)料比重(zhong)必(bi)然達(da)不到80%，不能享受增值(zhi)稅(shui)(shui)即征即退優惠。

　　至于企業所得稅(shui)“三(san)免三(san)減半”優惠，上文已強調，該(gai)(gai)項優惠的(de)主體是(shi)畜(chu)禽(qin)養(yang)(yang)殖(zhi)(zhi)場（或養(yang)(yang)殖(zhi)(zhi)小(xiao)區）。如果畜(chu)禽(qin)養(yang)(yang)殖(zhi)(zhi)場（或養(yang)(yang)殖(zhi)(zhi)小(xiao)區）屬于該(gai)(gai)廠(chang)，則(ze)該(gai)(gai)廠(chang)符合上述6條件時可享受此項優惠；如果不屬于該(gai)(gai)廠(chang)，該(gai)(gai)廠(chang)僅是(shi)從(cong)畜(chu)禽(qin)養(yang)(yang)殖(zhi)(zhi)場（或養(yang)(yang)殖(zhi)(zhi)小(xiao)區）購進畜(chu)禽(qin)糞便生產沼氣，則(ze)即使(shi)符合上述6條件，也不能享受此項優惠。

　　企(qi)業(ye)(ye)應根據(ju)自己的實(shi)際情況，準確把握稅(shui)(shui)收政(zheng)策，如實(shi)到(dao)稅(shui)(shui)務機(ji)關辦理優惠(hui)備案，準確計算應納增值稅(shui)(shui)和企(qi)業(ye)(ye)所得稅(shui)(shui)。