《農業產品征稅范圍注釋》（財稅字〔1995〕52號）規定，購進農業產品的下腳料等，可以按13%的稅率抵扣增值稅進項稅額。秸稈和畜禽糞便，都屬于農業產品的下腳料。
 

　　增值稅暫行條例第二條規定，銷售沼氣按13%增值稅稅率繳納增值稅。
 

　　《財政部、國家稅務總局關于調整完善資源綜合利用產品及勞務增值稅政策的通知》（財稅〔2011〕115號）第三條第（二）項規定：“以餐廚垃圾、畜禽糞便、稻殼、花生殼、玉米芯、油茶殼、棉籽殼、三剩物、次小薪材、含油污水、有機廢水、污水處理后產生的污泥、油田采油過程中產生的油污泥（浮渣），包括利用上述資源發酵產生的沼氣為原料生產的電力、熱力、燃料。生產原料中上述資源的比重不低于80%”，可以享增值稅即征即退100%的優惠。
 

　　值得注意的是，此項條款采取原料列舉法，秸稈并沒有列入其中。因此，沼氣原料中畜禽糞便須占80%以上，方可享受此項優惠。
 

　　雖然，稻殼、花生殼、玉米(mi)芯(xin)、油茶殼、棉(mian)籽殼等與(yu)秸稈同(tong)屬農業下腳料，按常理而論，秸稈作為原料也可以列入財稅〔2011〕115號文(wen)件第三條(tiao)第（二）項，從(cong)而企(qi)業計(ji)入原料比重百分比。但(dan)在國家稅務(wu)總局沒有(you)對此(ci)條(tiao)款(kuan)補充完善前，應嚴(yan)格(ge)按現(xian)行(xing)規定執行(xing)。