對于期末一次性進行賬務處理的企業，期末，按規定當期允許扣減銷售額而減少的應交增值稅，借記“應交稅費——應交增值稅”科目，貸記“主營業務成本”等科目。
二、增值稅期末留抵稅額的會計處理
試點地區兼有應稅服務的原增值稅一般納稅人，截止到開始試點當月月初的增值稅留抵稅額按照營業稅改征增值稅有關規定不得從應稅服務的銷項稅額中抵扣的，應在“應交稅費”科目下增設“增值稅留抵稅額”明細科目。
開始試點當月月初，企業應按不得從應稅服務的銷項稅額中抵扣的增值稅留抵稅額，借記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目，貸記 “應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）”科目。待以后期間允許抵扣時，按允許抵扣的金額，借記 “應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目。
“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目期末余額應根據其流動性在資產負債表中的“其他流動資產”項目或“其他非流動資產”項目列示。
三、取得過渡性財政扶持資金的會計處理
試點納稅人在新老稅制轉換期間因實際稅負增加而向財稅部門申請取得財政扶持資金的，期末有確鑿證據表明企業能夠符合財政扶持政策規定的相關條件且預計能夠收到財政扶持資金時，按應收的金額，借記“其他應收款”等科目，貸記“營業外收入”科目。待實際收到財政扶持資金時，按實際收到的金額，借記“銀行存款”等科目，貸記“其他應收款”等科目。
四、增值稅稅控系統專用設備和技術維護費用抵減增值稅額的會計處理
【相關法規——財稅[2012]15號 財政部、國家稅務總局關于增值稅稅控系統專用設備和技術維護費用抵減增值稅稅額有關政策的通知】
（一）增值稅一般納稅人的會計處理
按稅法有關規定，增值稅一般納稅人初次購買增值稅稅控系統專用設備支付的費用以及繳納的技術維護費允許在增值稅應納稅額中全額抵減的，應在“應交稅費——應交增值稅”科目下增設“減免稅款”專欄，用于記錄該企業按規定抵減的增值稅應納稅額。
企業購入增值稅稅控系統專用設備，按實際支付或應付的金額，借記“固定資產”科目，貸記“銀行存款”、“應付賬款”等科目。按規定抵減的增值稅應納稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（減免稅款）”科目，貸記“遞延收益”科目。按期計提折舊，借記“管理費用”等科目，貸記“累計折舊”科目；同時，借記“遞延收益”科目，貸記“管理費用”等科目。