企業年金是指企業及其職工按照《企業年金試行辦法》的規定，在依法參加基本養老保險的基礎上，自愿建立的補充養老保險。國家稅務總局《關于企業年金個人所得稅征收管理有關問題的通知》（國稅函[2009]694號），首次明確了企業年金個人所得稅征收管理的相關問題，之后《關于企業年金個人所得稅有關問題補充規定的公告》（國家稅務總局公告2011年第9號）（以下簡稱9號公告）又對該函的有關規定作了補充規定。因此，企業年金在計算繳納個人所得稅時應注意以下幾個問題：

　　一、企業年金無個人所得稅稅收優惠待遇

　　國稅函[2009]694號第一條規定，企業年金的個人繳費部分，不得在個人當月工資、薪金計算個人所得稅時扣除。這就是說企業年金個人繳費部分也要計算繳納個人所得稅。

　　例一，甲公司實行年金計劃，公司總經理李某月工資10000元，2011年12月，公司已向其年金賬戶繳存當月應繳金額3000元，其中企業繳費2000元；個人繳費1000元。該月李某應繳多少個人所得稅？

　　由于年金中個人繳費1000元，不得在其當月工資、薪金中扣除，因此，李某應繳工資、薪金個人所得稅745元[（10000-3500）×20%－555]。

　　國稅函[2009]694號第二條第一款規定，對于企業年金的企業繳費計入個人賬戶的部分（以下簡稱企業繳費）是個人因任職或受雇而取得的所得，屬于個人所得稅應稅收入，在計入個人賬戶時，應視為個人一個月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合并），不扣除任何費用，按照“工資、薪金所得”項目計算當期應納個人所得稅款，并由企業在繳費時代扣代繳。

　　續例一，李某年金企業繳費部分應繳個人所得稅95元（2000×10%－105）。

　　兩項合計應繳840元（745+95），李某實際到手的工資為8160元（10000-1000-840）。

　　假如該公司財務執行新會計準則，則扣繳稅款賬務處理：

　　1.代扣時：

　　借：應付職工薪酬――李某 10000

　　貸：現金 8160

　　貸：應交稅費――代扣代繳個人所得稅 840

　　2.代繳時：

　　借：應交稅費――代扣代繳個人所得稅 840

　　貸：銀行存款（現金） 840

　　二、月工資收入低于費用扣除標準的年金不征稅

　　由于國稅函[2009]694號對企業為月工資收入低于費用扣除標準的職工繳存企業年金的征稅問題不夠明確，因此9號公告規定，企業年金的企業繳費部分計入職工個人賬戶時，當月個人工資薪金所得與計入個人年金賬戶的企業繳費之和未超過個人所得稅費用扣除標準的，不征收個人所得稅；個人當月工資薪金所得低于個人所得稅費用扣除標準，但加上計入個人年金賬戶的企業繳費后超過個人所得稅費用扣除標準的，其超過部分按照國稅函[2009]694號第二條規定繳納個人所得稅。