（1）缺乏自主知識產權。對內資企業來說，不重視知識產權的保護，或者不想公開自己的有關技術，大多數企業都沒有知識產權的戰略意識，這也間接影響了部分實質上符合高新認定要求的企業申請高新；對外資企業來說，因為其母公司多在境外，雖然內部可許可其中國公司使用相應技術，但是很少會把其相應的知識產權全球獨占給中國公司，這也給外企企業申請高新帶來了巨大的困難。
（2）研發項目缺乏科學的設計和安排。高新認定申報的項目需要符合高新申報領域的要求，且因為評價指標中對科技成果轉化有數量要求，因此要求企業對研發項目進行科學的設計和安排，一方面滿足實質的高新技術的要求，另一方面也要滿足數量的要求。
（3）研發費用未按認定辦法的要求歸集，且比例難以達到認定要求。高新認定辦法的研發費用歸集與企業的財務處理不太一致，需要企業重新根據高新認定的要求進行歸集，歸集后有些企業的研發費用比例就很難達到認定的要求。
（4）高新產品或服務收入比例較低。有些大規模的集團企業，其銷售的產品或服務種類眾多，但是并不是所有的產品或服務都能歸屬到高新技術的領域里去，所以會導致有些企業總收入較高，但是高新產品或服務的收入較低，達不到認定所需要的比例要求。
（5）缺乏嚴格規范的研發體系和相應的組織管理安排。現代化的企業管理制度要求企業內部職能完備，分工明確，并有完善的制度管理，認定辦法中對研發組織管理水平也有相應的指標要求，對于一些管理較為不規范的企業來說，需要在申報之前進行調整。
（6）評審(shen)的(de)機(ji)制和程序越(yue)來越(yue)嚴苛。受08年金(jin)融危機(ji)的(de)影(ying)響，稅收額度沒有達到既定的(de)目標，這(zhe)就(jiu)促使高新(xin)認定的(de)初審(shen)和復(fu)審(shen)都趨向嚴格并且科技部抽(chou)查的(de)力度也在加大。

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