這種計算方法的優點是可以使一部分事業單位省去繁瑣的稅前調整過程，大大簡化了所得稅征納手續，在一定程度提高稅收征管效率，保證稅源穩定。缺點是這種計算方法實際上是把所得稅變成近似流轉稅的稅種，使納稅人的應納稅額僅僅取決于流轉額大小和所適用的應稅所得率的高低，而與納稅人本身的實際成本、費用及純收益水平無直接關系。應稅所得率依賴主管稅務機關核定后，在檔次劃分過于單一的情況下，實際收益水平存在較大差異的不同行業事業單位往往采用同一應稅所得率，缺乏稅負公平性。
　　（3）其他方法。
　　一是全部不繳納企業所得稅。對商業活動所得全面免稅，而不考慮產生收入的活動是否與非營利目的相關。如在英國、澳大利亞、波蘭等國，非營利組織的任何商業收入均可免除所得稅，但前提條件是所有收入必須用于非營利目的。基于我國國情考慮，可以從兩個層面來區別對待，對于“應稅收支”占全部收支比例較小的事業單位，其所有收入用于非營利目的，可以參考國外“非營利組織”的有關規定，考慮全部免稅。這種方式的缺點是很可能誤導其投資選擇，使大量資金流向營利領域，造成不公平競爭并助長逃稅漏稅風氣。對于“應稅收支”占全部收支比例較大的事業單位，可以在促進事業單位體制改革深化的前提下，使事業單位將營利業務剝離。如事業單位設立公司性質的下屬單位，可將其“應稅收支”業務轉入下屬公司運營，由下屬公司按照有關規定繳納企業所得稅。這種方式的優點是從體制上將事業單位的“應稅收支”和“非應稅收支”分開核算，分別計稅，可以提高征繳的準確性和合理性。但是這種方式只適合具有長期穩定的大比例“應稅收支”的事業單位，其設立下屬公司單獨運營才具有可行性。
　　二是全額繳納企業所得稅，但適用低稅率。有的國家對“非營利組織”從事的一切經濟活動生成的利潤實行全面征稅制。如在保加利亞、印度、菲律賓等發展中國家，非營利組織從事所有商業活動生成的凈收入，包括利息、股息、紅利皆須繳納所得稅。該項規定雖然確保了國家稅收的征繳，但它使非營利組織缺乏獨立性和對外界變化的適應能力，抑制了組織規模的壯大。另外，有的國家對“非營利組織”參與營利性活動的收入給予低于企業所得稅率的稅收優惠。這是考慮到非營利組織的應稅收入不能使私人獲利，從而獲得稅法優惠政策的傾斜。如日本法律規定，公益團體參與營利性活動有權享受低檔稅率。結合以上兩種思路，我國可以考慮不再區分事業單位的“應稅收支”和“非應稅收支”，而是直接將其全部收支相抵后計算結余，采用一個低于企業適用稅率的檔次征繳。適用稅率由主管稅務機關酌情核定。如企業所得稅適用稅率為25%，事業單位所得稅適用稅率可以為10%。這種計算方法的優點是最為簡單易行，可以保證稅源穩定；缺點是規定較為機械，尤其對于“非應稅收支”占全部收支比例較大的事業單位，缺乏準確性與合理性。
　　三是允(yun)許部(bu)分(fen)應(ying)(ying)稅(shui)(shui)收(shou)(shou)入(ru)免稅(shui)(shui)，而超過該限額(e)的部(bu)分(fen)則(ze)需納稅(shui)(shui)。有(you)的國家(jia)如匈牙(ya)利(li)，財團(tuan)法人由經(jing)濟活動所得(de)凈(jing)收(shou)(shou)益中可獲得(de)1000萬匈牙(ya)利(li)幣或總(zong)收(shou)(shou)入(ru)的10%的免稅(shui)(shui)，取兩(liang)者中較高(gao)的數額(e)予(yu)以免稅(shui)(shui)，其余部(bu)分(fen)則(ze)須繳稅(shui)(shui)。借(jie)鑒這種做法，我國主(zhu)管稅(shui)(shui)務機關可以根(gen)據(ju)事(shi)業(ye)單位(wei)(wei)(wei)收(shou)(shou)入(ru)比(bi)例調研(yan)情況，制定(ding)相應(ying)(ying)的納稅(shui)(shui)方(fang)案(an)，既(ji)給事(shi)業(ye)單位(wei)(wei)(wei)一定(ding)稅(shui)(shui)收(shou)(shou)優惠政策的傾斜，同時對于(yu)“應(ying)(ying)稅(shui)(shui)收(shou)(shou)支(zhi)”占(zhan)全(quan)部(bu)收(shou)(shou)支(zhi)比(bi)例較大的事(shi)業(ye)單位(wei)(wei)(wei)進行一定(ding)納稅(shui)(shui)征繳，從而保證稅(shui)(shui)源(yuan)穩定(ding)性和征繳公平性。

來源：北京會計師事務所