首先是利息費用的扣除問題。EVA公式的調整原理是，在計算NOPAT時要將利息費用加回到凈利潤中，將其作為債務資本成本在計算資本成本時一并考慮。目前央企的做法是將報表上的財務費用科目的余額作為調整數。此法的不妥之處在于財務費用中已經抵扣了利息收入、財務收益等項目，這些被抵扣的項目體現出企業融資活動的收益，是財務費用支出的抵減項，而這部分收益對于部分企業集團內的金融公司來講就是經營收益，應該計入凈利潤，因此，如果按照財務費用調整NOPAT，就會導致利息收入較大的企業的NOPAT比實際小，進而EVA比實際低。此外，目前央企對利息費用的調整扣除了所得稅的影響，但稅法規定利息費用可以稅前扣除，所以所有者應該承認企業負債利息的抵稅效應。
　　其次是調整項目的完整性問題。工程物資和在建工程屬于長期性、持續性投資，其不能在當期創造利潤，故不應包括在資本占用當中，而應在完工并轉入固定資產時才計入資本成本。
　　最后是減值準備。EVA的計算原理認為，資產減值準備是不反映企業真實經濟利潤的損失，實際發生的損失才是損失，因此僅對實際發生的損失進行扣除，而各種資產減值準備易被管理層操縱，在計算NOPAT時要加回來。此項調整的后果是增加了NOPAT，減少了存貨凈值，從而減少了總資產，最終減少了資金占用。雖然減值準備是由市價下跌造成的，但對市價的判斷失誤造成的減值恰恰體現了企業的管理水平（如煤價上漲期增加庫存，后期煤價下跌形成潛虧），因此從賬面計提存貨跌價準備，就減少了當期凈利潤，導致當期企業業績下降。但從長期來看，流動資產減值準備是有轉回的可能的，會計準則也是允許轉回的，并不會對企業長期的經濟利潤造成影響，因此從EVA追求長期價值的理念來講，流動資產減值準備的調整是沒有必要的。但長期資產的減值就很難說是與經營水平相關的，且長期資產減值準備在會計處理上是不允許轉回的。從這個角度說，流動資產減值準備可以不調整NOPAT，而長期資產減值準備是需要調整的。 
3.難點：資本成本率的確定
　　在理論上，資本成本計量方法采用加權平均資本成本（WACC），其中，債務資本成本根據企業的實際情況確定，權益資本成本的確定則要體現行業的風險差異，通常采用資本資產定價模型（CAPM）來計算，但CAPM模型由于涉及貝塔值，只能在上市公司中使用。而且有些學者認為貝塔值并不能完全反映企業的全部風險因素，何況我國資本市場尚不成熟，股票交易價格的形成機制并不能充分反映上市公司的風險與價值。目前，國資委將央企的資本成本率統一定為5.5%，這會造成EVA考核的不公平。低風險企業的EVA會因統一高資本成本而被壓低，高風險企業的EVA會因低資本成本而被抬高，反映在激勵分配上就會出現“苦樂不均”的現象，而且可能會誘使央企將財務資源與戰略資本投向高風險的產業。