2.實質性測試。實質性測試應該是對被審計單位信息系統的程序、數據、文件進行測試，并根據測試結果進行評價和鑒定。進行實質性測試須依賴于符合性測試的結果，如果符合性測試結果得出的審計風險偏高，而且被審計單位有利用信息系統進行舞弊的動機與可能，并且被審計單位又不能提供完整的會計文字資料，此時審計人員應考慮對會計報表發表保留意見或拒絕表示意見的審計報告。進行實質性測試時，可考慮采用通過計算機和利用計算機進行審計的方法，具體包括：
　　①“測試數據法”，就是將測試數據或模擬數據分別由審計人員進行手工核算和被審計單位信息系統進行處理，比較處理結果，作出評價；
　　②“受控處理法”，就是選擇被審計單位一定時期（最好是12月份）實際業務的數據分別由審計人員和會計電算化系統同時處理，比較結果，作出評價。
　3.利用輔助審計軟件直接審查信息系統的數據文件。審計人員可利用現場審計實施系統軟件（AO）直接對數據進行數據轉換，數據查詢，抽樣審計，查賬，賬務分析等測試，得出結論，作出評價。
　　（三）審計結論和執行階段
　　審計人員對信息系統進行符合性測試和實質性測試后，整理審計工作底稿，編制審計報告時，除對被審單位會計報表的合理性、公允性發表意見，作出審計結論外，還要對被審單位信息系統的處理功能和內部控制進行評價，并提出改進意見。
　　審計報告完成后，先要征求被審單位的意見，并報送審計機關和有關部門。審計報告一經審定，所作的審計結論和決定需通知并監督被審單位執行。
　　（四）異議和復審階段
　　被審單位對審計結論和決定若有異議，可提出復審要求，審計部門可組織復審并作出復審結論和決定。特別是被審單位信息系統有了新的改進時，還需組織后續審計。
　　二、信息系統的審計內容
　　信息系統與手工會計系統不同，它是由會計數據體系，計算機硬件和軟件以及系統工作和維護人員組成，所以信息系統的審計內容與手工會計系統也存在著較大的差別。信息系統審計的內容主要包括以下內容：
　　（一）對信息系統的內部控制的審計
　　一方面是企業的內部控制能在多大程度上確保信息系統中會計記錄的正確性和可靠性，如輸入、輸出的授權控制，業務處理的審核等。另一方面是內部控制的有效執行能在多大程度上保護資產的完整性，通過以上兩方面的評價，可以判斷企業內部控制系統能在何種程度上防止或發現會計報表中的錯誤及經營過程的舞弊。
　　（二）對信息系統的處理和控制功能的審計，也可稱為對信息系統程序的審計