企業合并實質上是被合并企業整體資產的產權轉讓給合并方,或被合并企業股東以放棄被合并企業股權為代價獲得合并企業的股權.
那么,被合并企業的所有貨物轉移到吸收合并企業或新設企業時,應執行"國稅函[2002]420號"文中規定:"企業產權整體轉讓過程中涉及的貨物轉移不征收增值稅."被合并企業的貨物不作視同銷售處理,自然也不應向合并方開出增值稅專用發票.被合并企業尚未抵扣的增值稅進項稅額可結轉到合并后的企業繼續抵扣,當然,其未交稅金也應由合并后的企業承擔納稅義務.被合并企業已收到貨物但在合并時尚未收到增值稅發票的,以后在收到時,只要發票經過認證無誤,且納稅人登記號屬于被合并企業合并前的號碼,則可由合并后的企業予以抵扣.被合并企業合并前銷售的貨物在合并后被退回的,在取得了規定的退貨憑證或證明材料后,可由合并企業沖減其銷項稅額.